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Lammps 模拟NPT系统出错
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这是我的input file， 想要在NVT的基础上接着运行NPT， 但是使用如下fix命令后无论是温度还是压强都没有被fix，如果删除fix rigid 那么分子之间的bond就消失了。。。使用fix rigid/npt 又说 invalid style。。。只有这种形式才能运行，但是温度和压强又不fix。。。请各位大神帮帮忙~~~~~ input file： ———————————————————————————————————————————————————————————————————————— dimension 2 boundary p p p neighbor 0.3 bin neigh_modify delay 1 timestep 0.002 units lj atom_style full read_restart restart.dimer_final group dimer molecule <> 1 3200 thermo_style custom step temp press vol enthalpy pe ke etotal lx ly lz atoms pair_style hybrid/overlay lj/cut 6.0 yukawa 1.0 6.0 pair_coeff * * lj/cut 1.0 1.0 pair_coeff * * yukawa 2.250 fix 10 dimer rigid molecule fix 1 all press/berendsen iso 0.0018 0.0018 1.0 fix 2 all npt temp 0.045 0.045 1.0 iso 0.0018 0.0018 1.0 neigh_modify exclude molecule dimer fix 5 all enforce2d —————————————————————————————————————————————————————————————————————————— output file 就这样： ———————————————————————————————————————————————————————————————————————— LAMMPS (9 Nov 2011) Reading restart file ... orthogonal box = (0 0 0) to (357.77 357.77 2.2) 1 by 5 by 1 processor grid 6400 atoms 3200 bonds Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ... 1 = max # of 1-2 neighbors 0 = max # of 1-3 neighbors 0 = max # of 1-4 neighbors 1 = max # of special neighbors 6400 atoms in group dimer 3200 rigid bodies with 6400 atoms WARNING: One or more atoms are time integrated more than once (modify.cpp:240) Setting up run ... Memory usage per processor = 4.26651 Mbytes Step Temp Press Volume Enthalpy PotEng KinEng TotEng Lx Ly Lz Atoms 11000000 0.045404677 -0.0048495 127999.37 -0.16623931 -0.1032962 0.034046413 -0.069249787 357.77 357.77 2.2 6400 11001000 0.035714946 0.0025690215 149326.3 -0.030062248 -0.11678389 0.026780629 -0.090003259 386.42761 386.42761 2.2 6400 11002000 0.030264793 0.0023758957 176161.74 -0.033412274 -0.12150331 0.022693866 -0.098809449 419.71626 419.71626 2.2 6400 11003000 0.029004975 0.0022623105 192742.28 -0.033463396 -0.12334429 0.021749199 -0.1015951 439.02424 439.02424 2.2 6400 11004000 0.028354983 0.0022907102 208286.37 -0.028235237 -0.12404763 0.021261807 -0.10278582 456.38402 456.38402 2.2 6400 11005000 0.02802591 0.0023240801 230934.88 -0.019681906 -0.12455808 0.021015054 -0.10354302 480.55684 480.55684 2.2 6400 11006000 0.027851188 0.0022193808 248575.1 -0.017691289 -0.12477576 0.020884039 -0.10389173 498.57306 498.57306 2.2 6400 11007000 0.027480945 0.0022516638 249899.94 -0.015969955 -0.12449678 0.020606415 -0.10389037 499.89993 499.89993 2.2 6400 11008000 0.027463389 0.0022537957 268442.03 -0.0096305365 -0.12475714 0.020593251 -0.10416389 518.11391 518.11391 2.2 6400 ———————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— 多谢各位大神。。。 |
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