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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » 转录调控因子结合位点寻找求助
汕头大学海洋科学接受调剂
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lren_87

铁杆木虫 (正式写手)

傻子乐

[求助] 转录调控因子结合位点寻找求助 已有3人参与

各位虫友，求教一个问题，请大家多多指教。目前，我获得了一个原核生物的功能基因簇，约在14k左右，其中包含了一个转录调控因子编码基因，我想要寻找这个调控因子在这个段基因簇中的结合位点，有什么比较好的方法吗？生物信息学的预测及实验方法都说说，谢谢大家了。我知道的有Chip-seq，但是不熟悉啊。
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大浪淘沙
1楼 2015-06-02 21:42:44
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bingrener

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

或者直接把11个ORF都拿出来做EMSA筛一下也可以，看看有没有共转录的，要是有共转录就不需要这么多了。
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6楼2015-06-03 15:43:20
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小小逍遥人

金虫 (正式写手)

张斌猪
商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
5‘RACE  或者3'RACE  可以找起始位点，chip 和EMSA可以知道结合序列
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生命还需要奇迹来衬托
2楼2015-06-02 21:49:51
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lren_87

铁杆木虫 (正式写手)

傻子乐
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小小逍遥人 at 2015-06-02 21:49:51
5‘RACE  或者3'RACE  可以找起始位点，chip 和EMSA可以知道结合序列

RACE能知道起始位点吗？我获得是14k的基因簇，约有11个ORF。
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大浪淘沙
3楼2015-06-02 22:10:47
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小小逍遥人

金虫 (正式写手)

张斌猪
引用回帖:
3楼: Originally posted by lren_87 at 2015-06-02 22:10:47
RACE能知道起始位点吗？我获得是14k的基因簇，约有11个ORF。...

可以 ，RACE就是用来克隆mirna转录起始位点，你这样得做下报告基因来进行筛选，之后再做RACE，
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生命还需要奇迹来衬托
4楼2015-06-03 09:30:34
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