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lren_87铁杆木虫 (正式写手)
傻子乐
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[求助]
转录调控因子结合位点寻找求助已有3人参与
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| 各位虫友，求教一个问题，请大家多多指教。目前，我获得了一个原核生物的功能基因簇，约在14k左右，其中包含了一个转录调控因子编码基因，我想要寻找这个调控因子在这个段基因簇中的结合位点，有什么比较好的方法吗？生物信息学的预测及实验方法都说说，谢谢大家了。我知道的有Chip-seq，但是不熟悉啊。 |
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4楼2015-06-03 09:30:34
2楼2015-06-02 21:49:51
lren_87
铁杆木虫 (正式写手)
傻子乐
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 6739.5
- 散金: 686
- 红花: 1
- 帖子: 355
- 在线: 123.5小时
- 虫号: 1518003
- 注册: 2011-11-30
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
3楼2015-06-02 22:10:47
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
| 可以把这个转录调控因子基因敲掉，做个RT-PCR看哪些基因受调控，再把受调控的基因启动子拿出来做EMSA和Footprinting，就能找到具体的结合位点了。EMSA和footprinting要是没有自己的平台也可以给公司去做，会比较快。我们在上海吐露港生物科技有限公司做过，这个是邮箱，要是需要可以找他们。tolobio@163.com. |
5楼2015-06-03 15:41:30