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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录因子结合位点
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魔术师杨

银虫 (小有名气)

[求助] 转录因子结合位点已有2人参与

谁有免费预测转录因子结合位点的软件呀？
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1楼2014-07-02 10:12:22
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-03 12:03:00
据说JASPAR可以，http://jaspar.genereg.net/，自己还没有研究。
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2楼2014-07-02 23:24:07
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-07-03 12:03:10
转录因子数据库与转录因子预测软件

转录因子数据库：
TRANSFAC:
http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html
TRRD:
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/
TFD:
http://www.ifti.org/
JASPAP :
http://jaspar.cgb.ki.se/
DBTSS:
http://dbtess.hgc.jp/

转录因子预测软件：
March 1.0
http://compel.binet.nsc,ru/March/March.html
TFSEACH
http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEACH.html
MAPPER
http://mapper.chip.org
P-March:
http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html
TESS
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
PatSearch
http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/PatSearch
m2transfac
http://explain.biobase.de/cgi-bin/m2transfac/bin/start.cgi
Signal Scan
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/

有关软件的使用方法在MMB 系列里有transcriptional factor一卷，我忘了具体是哪卷了，抱歉！下午要去开会，改日传上来。
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3楼2014-07-03 11:33:42
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jocking2000

铁虫 (小有名气)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-09 16:06:47
软件统一楼上的，转录因子的预测，还是老牌的那么几个，就是数据库基本停止更新。
这两个比较用的多。
TFSEACH
还有就是收费的。
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4楼2014-07-09 11:37:41
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