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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 文献所示启动子区共有结合序列 T K R Y什么意思
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大风吹

银虫 (小有名气)

[求助] 文献所示启动子区共有结合序列 T K R Y什么意思

如题所示
在文献中查某一转录因子结合位点时，会给出TRKKTRY 有的还含有W或者N，这些字母均不是ATGC代表什么意思啊，感觉像是某一种偏好性，到底是代表什么呢？
哪位大侠解释一下
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1楼 2012-06-28 17:01:16
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+4, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-06-28 20:08:03
大风吹: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-06-29 12:32:25
IUPAC ambiguity codes are single-letter codes for nucleotides and amino acids established by the International Union of Pure and Applied Chemistry. This nomenclature is used for specifying Pattern Search parameters.

Nucleotides (Cornish-Bowden, 1985):

Symbol        Meaning
G        G
A        A
T        T or U
C        C
U        U or T
R        G or A
Y        T, U or C
M        A or C
K        G, T or U
S        G or C
W        A, T or U
H        A, C, T or U
B        G, T, U or C
V        G, C or A
D        G, A, T or U
N        G, A, T, U or C
Amino Acids:

1-Letter Symbol        3-Letter Symbol        Meaning
A        Ala        Alanine        
R        Arg        Arginine        
N        Asn        Asparagine        
D        Asp        Aspartic acid        
C        Cys        Cysteine        
Q        Gln        Glutamine        
E        Glu        Glutamic acid        
G        Gly        Glycine        
H        His        Histidine        
I        Ile        Isoleucine        
L        Leu        Leucine        
K        Lys        Lysine        
M        Met        Methionine        
F        Phe        Phenylalanine        
P        Pro        Proline        
S        Ser        Serine        
T        Thr        Threonine        
W        Trp        Tryptophan        
Y        Tyr        Tyrosine        
V        Val        Valine               
B        Asx        Asparagine or Aspartic acid
Z        Glx        Glutamine or Glutamic acid
X        ???        Unknown        
Cornish-Bowden, A. (1985). Nomenclature for incompletely specified bases in nucleic acid sequences: recommendations 1984. Nuc. Acids Res. 13:3021-3030.
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2楼2012-06-28 17:24:15
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
貌似是Foxa转录因子的结合位点？TRKKTRY这些字母，每一个都是代表了多个核苷酸，你可以看看上面的表。
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3楼2012-06-28 17:27:24
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sk_yb

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼上正解，比如R代表嘌呤。两个都有可能
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4楼2012-06-28 20:09:13
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