应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 启动子顺式调控元件图谱构建
101/1返回列表
查看: 3466  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

聪明的傻帽儿

木虫 (小有名气)

[交流] 启动子顺式调控元件图谱构建 已有3人参与

怎么构建顺式调控元件图谱？是要一个一个把调控元件找出来进行标记吗？用什么方法找？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

核酸生物学实验经验

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-10-03 19:50:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baby1987

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
先把启动子扩增出来，在一段段的deletion，然后检测荧光活性。
赞一下 回复此楼
加油。
2楼2013-10-05 09:56:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

聪明的傻帽儿

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by baby1987 at 2013-10-05 09:56:16
先把启动子扩增出来，在一段段的deletion，然后检测荧光活性。

我已经扩出来了，是要一段段的缺失，但是怎么缺失呢？就是随便的分段吗？应该是先把所有的调控因子还有转录因子结合位点找出来，然后根据他们的位置分段的吧？你有做过吗？我克隆出启动子后大半年了，不知从何下手
赞一下 回复此楼
3楼2013-10-05 10:37:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baby1987

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 聪明的傻帽儿 at 2013-10-05 10:37:02
我已经扩出来了，是要一段段的缺失，但是怎么缺失呢？就是随便的分段吗？应该是先把所有的调控因子还有转录因子结合位点找出来，然后根据他们的位置分段的吧？你有做过吗？我克隆出启动子后大半年了，不知从何下手...

设计引物啊，以已经扩出来的为模板，扩增短片段，检测荧光活性，这个网上现在好多啊。
赞一下 回复此楼
加油。
4楼2013-10-05 11:32:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ck8148

金虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-10-18 02:29:23
先用plantcare预测一下，根据结果进行有目的的分段，这样效率要高很多，希望对你有用
赞一下 回复此楼
5楼2013-10-17 11:34:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

聪明的傻帽儿

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ck8148 at 2013-10-17 11:34:05
先用plantcare预测一下，根据结果进行有目的的分段，这样效率要高很多，希望对你有用

这个我知道，但是预测结果看不懂，能不能指导下？
赞一下 回复此楼
6楼2013-10-17 19:05:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ck8148

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 聪明的傻帽儿 at 2013-10-17 19:05:32
这个我知道，但是预测结果看不懂，能不能指导下？...

预测的结果为上面是序列，下面是motifs found，点开继续名左边的加号就可以看到有很多子项目，分别对应序列上面标示的颜色，判断基序所在的位置，子菜单中的最后一栏为基序的说明标示与什么相关，中间的score标示算法的值，值越大说明该基序存在的可能性越大。
说的有点乱，不知道能明白不
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2013-10-18 09:56:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

聪明的傻帽儿

木虫 (小有名气)
内容已删除
回复此楼
8楼2013-10-19 12:33:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
顺式元件必须要与反式因子相互作用才能发挥作用，这样也就是在研究DNA-Protein相互作用的问题，你用ChIP，足迹法等DNA-Protein相互作用都可以呀，提取到DNA-Protein complex（用凝胶阻滞电泳和亲和层析都可以）去掉蛋白质保护之外的DNA片段，对剩下的DNA片段测序。如果剩下的DNA片段测序有修饰则用质谱测序，没有修饰就用一般的酶法或者化学法为基础的自动测序仪测序，当不知道有没有核酸修饰时先用一般的酶法或者化学法为基础的自动测序仪测序，有修饰的位点测不出来（信号无法识别），但是不影响其他位点的确定。
但是顺式元件的最少序列可不一定就是DNA-Protein complex中受到蛋白质保护的DNA片段，所以先做细胞外实验，截断DNA-Protein complex中受到蛋白质保护外的DNA片段至邻近被保护的序列，看看DNA-Protein complex是否能够形成，结合软件预测。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2013-10-19 13:17:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
当然是做细胞外实验是不够的，还要做细胞内试验，ChIP就可以完成细胞内试验。细胞外实验用红外、荧光、质谱、凝胶阻滞电泳都可以。
赞一下 回复此楼
10楼2013-10-19 14:22:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 聪明的傻帽儿 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:50 by VMDqgnlKimtZ
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:49 by VMDqgnlKimtZ
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-15 14:25 by VMDqgnlKimtZ
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 9/450 2026-09-15 14:10 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 09:38 by VMDqgnlKimtZ
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:58 by C79jjtjAKjEn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:26 by C79jjtjAKjEn
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:14 by C79jjtjAKjEn
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 05:50 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 01:21 by mibUvS8DDCwf
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 23:13 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:13 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:25 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭