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启动子顺式调控元件图谱构建 已有3人参与
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| 怎么构建顺式调控元件图谱？是要一个一个把调控元件找出来进行标记吗？用什么方法找？ |
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 核酸生物学实验经验 |
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2楼2013-10-05 09:56:16
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3楼2013-10-05 10:37:02
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8楼2013-10-19 12:33:15
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顺式元件必须要与反式因子相互作用才能发挥作用，这样也就是在研究DNA-Protein相互作用的问题，你用ChIP，足迹法等DNA-Protein相互作用都可以呀，提取到DNA-Protein complex（用凝胶阻滞电泳和亲和层析都可以）去掉蛋白质保护之外的DNA片段，对剩下的DNA片段测序。如果剩下的DNA片段测序有修饰则用质谱测序，没有修饰就用一般的酶法或者化学法为基础的自动测序仪测序，当不知道有没有核酸修饰时先用一般的酶法或者化学法为基础的自动测序仪测序，有修饰的位点测不出来（信号无法识别），但是不影响其他位点的确定。 但是顺式元件的最少序列可不一定就是DNA-Protein complex中受到蛋白质保护的DNA片段，所以先做细胞外实验，截断DNA-Protein complex中受到蛋白质保护外的DNA片段至邻近被保护的序列，看看DNA-Protein complex是否能够形成，结合软件预测。 |
9楼2013-10-19 13:17:45
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10楼2013-10-19 14:22:03
