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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 启动子顺式调控元件图谱构建
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聪明的傻帽儿

木虫 (小有名气)

[交流] 启动子顺式调控元件图谱构建 已有3人参与

怎么构建顺式调控元件图谱？是要一个一个把调控元件找出来进行标记吗？用什么方法找？
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1楼 2013-10-03 19:50:16
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baby1987

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
先把启动子扩增出来，在一段段的deletion，然后检测荧光活性。
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加油。
2楼2013-10-05 09:56:16
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聪明的傻帽儿

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by baby1987 at 2013-10-05 09:56:16
先把启动子扩增出来，在一段段的deletion，然后检测荧光活性。

我已经扩出来了，是要一段段的缺失，但是怎么缺失呢？就是随便的分段吗？应该是先把所有的调控因子还有转录因子结合位点找出来，然后根据他们的位置分段的吧？你有做过吗？我克隆出启动子后大半年了，不知从何下手
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3楼2013-10-05 10:37:02
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baby1987

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 聪明的傻帽儿 at 2013-10-05 10:37:02
我已经扩出来了，是要一段段的缺失，但是怎么缺失呢？就是随便的分段吗？应该是先把所有的调控因子还有转录因子结合位点找出来，然后根据他们的位置分段的吧？你有做过吗？我克隆出启动子后大半年了，不知从何下手...

设计引物啊，以已经扩出来的为模板，扩增短片段，检测荧光活性，这个网上现在好多啊。
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加油。
4楼2013-10-05 11:32:20
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ck8148

金虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-10-18 02:29:23
先用plantcare预测一下，根据结果进行有目的的分段，这样效率要高很多，希望对你有用
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5楼2013-10-17 11:34:05
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聪明的傻帽儿

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ck8148 at 2013-10-17 11:34:05
先用plantcare预测一下，根据结果进行有目的的分段，这样效率要高很多，希望对你有用

这个我知道，但是预测结果看不懂，能不能指导下？
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6楼2013-10-17 19:05:32
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ck8148

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 聪明的傻帽儿 at 2013-10-17 19:05:32
这个我知道，但是预测结果看不懂，能不能指导下？...

预测的结果为上面是序列，下面是motifs found，点开继续名左边的加号就可以看到有很多子项目，分别对应序列上面标示的颜色，判断基序所在的位置，子菜单中的最后一栏为基序的说明标示与什么相关，中间的score标示算法的值，值越大说明该基序存在的可能性越大。
说的有点乱，不知道能明白不
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7楼2013-10-18 09:56:32
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聪明的傻帽儿

木虫 (小有名气)
内容已删除
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8楼2013-10-19 12:33:15
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
顺式元件必须要与反式因子相互作用才能发挥作用，这样也就是在研究DNA-Protein相互作用的问题，你用ChIP，足迹法等DNA-Protein相互作用都可以呀，提取到DNA-Protein complex（用凝胶阻滞电泳和亲和层析都可以）去掉蛋白质保护之外的DNA片段，对剩下的DNA片段测序。如果剩下的DNA片段测序有修饰则用质谱测序，没有修饰就用一般的酶法或者化学法为基础的自动测序仪测序，当不知道有没有核酸修饰时先用一般的酶法或者化学法为基础的自动测序仪测序，有修饰的位点测不出来（信号无法识别），但是不影响其他位点的确定。
但是顺式元件的最少序列可不一定就是DNA-Protein complex中受到蛋白质保护的DNA片段，所以先做细胞外实验，截断DNA-Protein complex中受到蛋白质保护外的DNA片段至邻近被保护的序列，看看DNA-Protein complex是否能够形成，结合软件预测。
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9楼2013-10-19 13:17:45
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
当然是做细胞外实验是不够的，还要做细胞内试验，ChIP就可以完成细胞内试验。细胞外实验用红外、荧光、质谱、凝胶阻滞电泳都可以。
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10楼2013-10-19 14:22:03
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