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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » 转录调控因子结合位点寻找求助
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lren_87

铁杆木虫 (正式写手)

傻子乐

[求助] 转录调控因子结合位点寻找求助 已有3人参与

各位虫友，求教一个问题，请大家多多指教。目前，我获得了一个原核生物的功能基因簇，约在14k左右，其中包含了一个转录调控因子编码基因，我想要寻找这个调控因子在这个段基因簇中的结合位点，有什么比较好的方法吗？生物信息学的预测及实验方法都说说，谢谢大家了。我知道的有Chip-seq，但是不熟悉啊。
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大浪淘沙
1楼 2015-06-02 21:42:44
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小小逍遥人

金虫 (正式写手)

张斌猪
商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
5‘RACE  或者3'RACE  可以找起始位点，chip 和EMSA可以知道结合序列
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生命还需要奇迹来衬托
2楼2015-06-02 21:49:51
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lren_87

铁杆木虫 (正式写手)

傻子乐
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小小逍遥人 at 2015-06-02 21:49:51
5‘RACE  或者3'RACE  可以找起始位点，chip 和EMSA可以知道结合序列

RACE能知道起始位点吗？我获得是14k的基因簇，约有11个ORF。
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大浪淘沙
3楼2015-06-02 22:10:47
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小小逍遥人

金虫 (正式写手)

张斌猪
引用回帖:
3楼: Originally posted by lren_87 at 2015-06-02 22:10:47
RACE能知道起始位点吗？我获得是14k的基因簇，约有11个ORF。...

可以 ，RACE就是用来克隆mirna转录起始位点，你这样得做下报告基因来进行筛选，之后再做RACE，
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生命还需要奇迹来衬托
4楼2015-06-03 09:30:34
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bingrener

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以把这个转录调控因子基因敲掉，做个RT-PCR看哪些基因受调控，再把受调控的基因启动子拿出来做EMSA和Footprinting，就能找到具体的结合位点了。EMSA和footprinting要是没有自己的平台也可以给公司去做，会比较快。我们在上海吐露港生物科技有限公司做过，这个是邮箱，要是需要可以找他们。tolobio@163.com.
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5楼2015-06-03 15:41:30
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bingrener

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

或者直接把11个ORF都拿出来做EMSA筛一下也可以，看看有没有共转录的，要是有共转录就不需要这么多了。
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6楼2015-06-03 15:43:20
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yhz0626

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
原位杂交不知道行不行

[ 发自小木虫客户端 ]
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7楼2015-06-03 17:14:35
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福建漳浦

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

目前，结合生物信息学及DNA-Pullown技术验证转录因子及其顺式作用元件的结合是较为简便的
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8楼2016-02-13 16:42:43
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希希xixi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 福建漳浦 at 2016-02-13 16:42:43
目前，结合生物信息学及DNA-Pullown技术验证转录因子及其顺式作用元件的结合是较为简便的

能否请具体再介绍一下生物信息学方面怎么做？我也刚刚要做这方面，很多不懂，想请教一下^_^

发自小木虫IOS客户端
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9楼2016-05-03 18:30:47
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