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xynlwt

新虫 (初入文坛)

[求助] SSR预实验荧光带不上 已有2人参与

如题,SSR的预实验已经做了很久,荧光基团总是加不到目的片段上,而是加在二聚体或者其他杂带上,20ul和10ul体系都能P出来,用的酶是天根的TAQ MIX,引物部分试过三种都失败了,其他水和DNA的比例问题不大。1),F引物:M13F引物:修饰基团:R引物=2:3:5:10。2),F引物:M13F引物:修饰基团:R引物=0.5:0.5:9:10。这种荧光加在目的片段上一点点,峰极低,几乎看不见。3),用了两轮,第一轮,M13F引物:R=1:1。第一轮产物用作第二轮模板,第二轮引物比例为,修饰基团:R引物=1:1。峰还是很低,要么就是依然加在比较短的杂带上。最后想看看正常情况到底应该什么样,就合了一条直接把修饰基团加在F引物上的引物,这次确实加到了目的片段上,但是这种方法太贵了,预实验的话会远超预算,只有预实验先做好了正式实验再用,所以请大神们帮我看看怎样能把这个预实验部分做出来,谢了!
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xynlwt

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 吾小豆123 at 2015-05-11 21:43:21
有篇文献是专门讲这个技术的。An economic method for the fluorescent labeling
of PCR fragments   可以适当调整引物的浓度。

多谢我去看看哈~
5楼2015-05-12 14:13:14
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xynlwt

新虫 (初入文坛)

顶一下,给大神们看一看~
2楼2015-05-11 15:05:53
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yingheqian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2015-05-12 08:03:47
xynlwt: 金币+1, 有帮助 2015-05-12 14:17:31
这个效果肯定没有直接标记在引物上好,我们试过引物合成的时候合成长一点的引物,也就是一端(F或R)的引物在其5‘端加上M13引物,第一次PCR就用这个扩增,然后以扩增产物为模板,用荧光标记的M13引物和另一端没有标记的(R或F)引物,再扩增一次。效果还行。
3楼2015-05-11 20:16:12
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吾小豆123

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2015-05-12 08:03:52
xynlwt: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-05-12 14:17:17
有篇文献是专门讲这个技术的。An economic method for the fluorescent labeling
of PCR fragments   可以适当调整引物的浓度。
4楼2015-05-11 21:43:21
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