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用DS进行蛋白同源建模时出现错误
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以下是运行Build homology models后出现的错误，不知道有哪位了解的，还望指导小弟一下，在下不胜感激！ Build Homology Models -------------------------------------------------------------------------------- Description Builds homology models of a protein sequence using one or more template structures. Uses MODELER automodel (or loopmodel if Refine Loops is True) to build homology models. An accurate sequence alignment between the model and the template proteins are essential to achieve high quality models. Set Disulfide Bridges, Cis-Prolines, and Additional Restraints to add modeling restraints. Set Copy Ligands to copy the ligands of the templates to the models as rigid body. If some sequence segments of the model sequence are not aligned with the templates, Refine Loops can be used to build additional refinement models for these segments. The B-factors provided in homology models represent an average of the B-factors found in template structures from crystallographic origins. These B-factors may be useful for understanding the dynamics of the models, but should not be taken as accurate estimations of thermal motion. Information Name Build Homology Models Status Error User jmcookie DS Version 2.5.0.9167 DS Client Version 2.5.0.9164 System localhost (Windows32) Start Time 2015-03-18 21:57:31 Finish Time 2015-03-18 21:57:58 Execution Time 00:00:27 Error Messages Model FK01.B99990001.pdb not found. Please check MODELER log file (modeler.log). Model FK01.B99990002.pdb not found. Please check MODELER log file (modeler.log). Model FK01.B99990003.pdb not found. Please check MODELER log file (modeler.log). Model FK01.B99990004.pdb not found. Please check MODELER log file (modeler.log). Model FK01.B99990005.pdb not found. Please check MODELER log file (modeler.log). Engine failed to generate any model. Please check MODELER log file (modeler.log). 761 1 Traceback (most recent call last): File "modeler.py", line 21, in ? modeller.util.accelrys.generate_clean_pdb(env, code='gi|55669741|pdb|1SIR|A', use_only_aa_chains=True, ligands2copy=[], chains2copy=[], hetsyn=hetsyn) File "C:\Program Files (x86)\Accelrys\PipelinePilot\apps\scitegic\dscore\server\share\modeler\modlib\modeller\util\accelrys.py", line 320, in generate_clean_pdb mdl.read(file=code,model_format='PDB') File "C:\Program Files (x86)\Accelrys\PipelinePilot\apps\scitegic\dscore\server\share\modeler\modlib\modeller\model.py", line 117, in read model_format, model_segment) IOError: pdbnam_____E> Filename for PDB code not found: gi|55669741|pdb|1SIR|A Directories: Extensions : ;.atm;.pdb;.ent;.crd (Also tried prepending 'pdb', and looking for .Z, .gz, .bz2, .7z) Input Files Build Homology Models Protocol Protocol.pr_xml Input Sequence Alignment FK01_profile-3SF6.bsml Input Template Structures 1SIQ.dsv Input Template Structures 1SIR.dsv Input Template Structures 2R0M.dsv Input Template Structures 3SF6.dsv Output Files Build Homology Models Log Output.log Summary Modeler Version : 9v4 Parameters Input Sequence Alignment ../Input/FK01_profile-3SF6.bsml Input Model Sequence FK01 Input Template Structures ../Input/3SF6.dsv, ../Input/1SIQ.dsv, ../Input/1SIR.dsv, ../Input/2R0M.dsv Cut Overhangs True Disulfide Bridges Cis-Prolines Additional Restraints Copy Ligands Copy Chains Reference Template Reference Template Copy Regions Optimize Sidechains True Number of Models 5 Start Model Index 1 Optimization Level Low Refine Loops False Refine Loops Number of Models 1 Refine Loops Optimization Level Medium Refine Loops Use DOPE Method True |
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