24小时热门版块排行榜    

查看: 1023  |  回复: 6

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] 请教使用本地Blast的一个问题,谢谢! 已有3人参与

我从NCBI上下载了blast软件,想使用本地的blast进行大量的蛋白序列比对。但是从NCBI上下载NR库,NR库实在太大了,而且每天都会更新。所以,我想能不能使用在线的NCBI的NR库,然后用本地的blast软件进行大量的蛋白序列比对。我知道Bioedit有这个功能--"NCBI blast over the internet",也就是在线利用NCBI的库,但是不知道如何实现(或者说命令怎么写),在这里请教各位了,谢谢!!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
本地blast需要需要本地的database,好像没有利用网络database的指令。你的情况最好是用bioperl,里头有blast功能,你到网上搜一下就可以看到好多例子。不过bioperl要自己写代码。

下面是几个网站,你看一下。
http://yunbio.com/question/49
http://bbs.bbioo.com/thread-180345-1-1.html
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4da55fbd01019gtp.html
2楼2015-03-15 17:44:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

上游生命科学

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议在本地比对,NR数据库一年前曾经下载过,10G左右吧,在本地建立成库后会大很多。如果写程序进行在线比对,或者人工提交,很大程度上依赖于网络的情况,并且NCBI网站是有限制的,不能太过频繁地提交比对序列,经常出问题。如果是少量的蛋白序列利用在线比对较好,但是量大的话还是本地
3楼2015-03-17 22:17:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lili123--

新虫 (初入文坛)

亲,怎么下载本地Blast啊,谢谢
4楼2015-09-15 15:07:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木木不喜欢我

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

5楼2015-09-16 10:53:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

李菇凉

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 木木不喜欢我 at 2015-09-16 10:53:05
http://wenku.baidu.com/view/c6be8e7e581b6bd97f19eac9
我以前写的教程慢慢看吧希望有用

我按你的方法可是总是下载失败,求告知这是什么原因
6楼2016-10-26 18:01:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木木不喜欢我

金虫 (正式写手)

可能是链接ncbi有改吧具体怎么失败,

发自小木虫IOS客户端
7楼2016-10-27 07:52:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhangmao511 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 我面上完蛋了 +5 且听虎啸 2026-08-20 5/250 2026-08-21 09:48 by climap
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +8 yuleib84 2026-08-19 9/450 2026-08-21 09:45 by climap
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +4 archvillain 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:10 by gatelove
[基金申请] 科研孤儿太难了 +14 我4大白菜 2026-08-20 15/750 2026-08-20 22:33 by 袁向阳007
[基金申请] 言之凿凿,明天官网会通知放榜? +15 医学老男孩 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:35 by CaoLG
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:05 by spzhao
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
信息提示
请填处理意见