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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

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[求助] 请教使用本地Blast的一个问题，谢谢！已有3人参与

我从NCBI上下载了blast软件，想使用本地的blast进行大量的蛋白序列比对。但是从NCBI上下载NR库，NR库实在太大了，而且每天都会更新。所以，我想能不能使用在线的NCBI的NR库，然后用本地的blast软件进行大量的蛋白序列比对。我知道Bioedit有这个功能--"NCBI blast over the internet",也就是在线利用NCBI的库，但是不知道如何实现（或者说命令怎么写），在这里请教各位了，谢谢！！！！

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1楼 2015-03-15 17:14:27

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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

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本地blast需要需要本地的database，好像没有利用网络database的指令。你的情况最好是用bioperl，里头有blast功能，你到网上搜一下就可以看到好多例子。不过bioperl要自己写代码。

下面是几个网站，你看一下。
http://yunbio.com/question/49
http://bbs.bbioo.com/thread-180345-1-1.html
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4da55fbd01019gtp.html