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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于测序后基因分型的一些问题。。。求大神解答！
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北欧神鱼

金虫 (小有名气)

[求助] 关于测序后基因分型的一些问题。。。求大神解答！ 已有1人参与

本人对分子生物相关的一些东西都不太懂，只会做PCR来检测，但是老板要求要做到基因分型，查了一些文献，但是没有一个很好的思路所以来请教各位大神！
我要对样本中的隐孢子虫SSU基因进行检测并且测序，最后是要鉴定到基因型。
首先，每种隐孢子虫就有很多的基因型，文献中所选择的基因型用于比对的基因型也不相同。那么我该如何从基因库里面选择出可用于我比对的这些基因型呢？其次，我直接把测序结果来BLAST，会出来20多个结果，identity也有99%，但是都是isolates，没有出现相应的基因型编号。那这样分到型了吗？
最后，我想知道这个试验的步骤到底是怎样的？是我先用酶切确定我得到几个型再去找相应比对型呢？还是直接找来比对型进行比对，最后出结果？
希望知道的大神告诉我该怎么做。。。从基因型的选择开始我就不会弄了。。。
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1楼 2015-03-12 16:21:16
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zss2011

新虫 (初入文坛)
请问 你做的隐孢子虫PCR的条件是多少  还有加PCR试剂的量  我也是做这个的  最近做不出来了  总出现抹带的想想  谢谢了！！！！
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3楼2015-04-17 11:27:25
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gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
北欧神鱼: 金币+1, ★有帮助 2015-03-15 20:54:11
应该是先酶切，然后根据酶切的条带去比对。
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2楼2015-03-12 19:09:44
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