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北欧神鱼

金虫 (小有名气)

[求助] 关于测序后基因分型的一些问题。。。求大神解答! 已有1人参与

本人对分子生物相关的一些东西都不太懂,只会做PCR来检测,但是老板要求要做到基因分型,查了一些文献,但是没有一个很好的思路所以来请教各位大神!
我要对样本中的隐孢子虫SSU基因进行检测并且测序,最后是要鉴定到基因型。
首先,每种隐孢子虫就有很多的基因型,文献中所选择的基因型用于比对的基因型也不相同。那么我该如何从基因库里面选择出可用于我比对的这些基因型呢?其次,我直接把测序结果来BLAST,会出来20多个结果,identity也有99%,但是都是isolates,没有出现相应的基因型编号。那这样分到型了吗?
最后,我想知道这个试验的步骤到底是怎样的?是我先用酶切确定我得到几个型再去找相应比对型呢?还是直接找来比对型进行比对,最后出结果?
希望知道的大神告诉我该怎么做。。。从基因型的选择开始我就不会弄了。。。
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gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
北欧神鱼: 金币+1, 有帮助 2015-03-15 20:54:11
应该是先酶切,然后根据酶切的条带去比对。
2楼2015-03-12 19:09:44
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zss2011

新虫 (初入文坛)

请问 你做的隐孢子虫PCR的条件是多少  还有加PCR试剂的量  我也是做这个的  最近做不出来了  总出现抹带的想想  谢谢了!!!!
3楼2015-04-17 11:27:25
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