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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 关于MS Dmol3模块进行过渡态频率分析
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duantian0529

金虫 (小有名气)

[求助] 关于MS Dmol3模块进行过渡态频率分析

MS Dmol3模块进行过渡态频率分析后，点出了虚频所对应的力的变化方向，怎么判断这个力的方向是对的呢？
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1楼 2015-03-06 12:03:35
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卡开发发

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★
gmy1990: 金币+1, 感谢应助 2015-03-07 20:03:30
要沿着你的反应方向，即反应物到生成物的方向，这样这个方向的虚频会被保留，其他方向与反应无关的则被消除。
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2楼2015-03-06 23:49:47
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duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-06 23:49:47
要沿着你的反应方向，即反应物到生成物的方向，这样这个方向的虚频会被保留，其他方向与反应无关的则被消除。

要是不是我的反应物到生成物的方向呢？虚频出现在了这个方向上，是不是得消虚频了，具体该怎么消呢？
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3楼2015-03-07 11:36:51
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卡开发发

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Ab Initio Amateur
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gmy1990: 金币+1, 感谢应助 2015-03-07 20:03:39
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3楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-07 11:36:51
要是不是我的反应物到生成物的方向呢？虚频出现在了这个方向上，是不是得消虚频了，具体该怎么消呢？...

最简单的方案就是在频率分析的工具中选择沿着反应方向的虚频，然后通过过渡态优化计算原则上可以去除不该出现的虚频。
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4楼2015-03-07 12:09:53
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duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-07 12:09:53
最简单的方案就是在频率分析的工具中选择沿着反应方向的虚频，然后通过过渡态优化计算原则上可以去除不该出现的虚频。...

直接在TS search的xtd文件进行过渡态优化吗？这样剩下的就是对的虚频了？
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5楼2015-03-09 17:57:30
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卡开发发

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5楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-09 17:57:30
直接在TS search的xtd文件进行过渡态优化吗？这样剩下的就是对的虚频了？...

要把正确方向的虚频在频率分析的工具中挑出来的吧？这个是需要人为判断的，但是并不复杂。
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duantian0529
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6楼2015-03-09 18:20:49
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duantian0529

金虫 (小有名气)
送红花一朵
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6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-09 18:20:49
要把正确方向的虚频在频率分析的工具中挑出来的吧？这个是需要人为判断的，但是并不复杂。...

假设我已经知道哪个是对的了，我把它 animation后的xtd文件再进行过渡态优化，是吗？
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7楼2015-03-10 10:07:14
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duantian0529

金虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-09 18:20:49
要把正确方向的虚频在频率分析的工具中挑出来的吧？这个是需要人为判断的，但是并不复杂。...

我还想问一下，就是对一个我已经优化好的反应物，对它进行频率分析是不是应该出现一个虚频呢？而对从R-P的TS search的xsd的文件进行频率分析后应该也有一个虚频吗？
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8楼2015-03-10 10:13:02
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卡开发发

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引用回帖:
8楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-10 10:13:02
我还想问一下，就是对一个我已经优化好的反应物，对它进行频率分析是不是应该出现一个虚频呢？而对从R-P的TS search的xsd的文件进行频率分析后应该也有一个虚频吗？...

把它 animation后的xtd文件再进行过渡态优化是对的。

第二个问题原则上是的，但是周期体系可能有三个模非常小的频率，这个三个当中不管哪个出现虚频都可以不管。除了这三个频率之外，应该有个独立的虚频。
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9楼2015-03-10 11:11:28
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duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-10 11:11:28
把它 animation后的xtd文件再进行过渡态优化是对的。

第二个问题原则上是的，但是周期体系可能有三个模非常小的频率，这个三个当中不管哪个出现虚频都可以不管。除了这三个频率之外，应该有个独立的虚频。...

要是我的反应物没有独立虚频呢？是不是说明其不稳定呢
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10楼2015-03-11 12:05:08
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