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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 关于MS Dmol3模块进行过渡态频率分析
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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10楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-11 12:05:08
要是我的反应物没有独立虚频呢？是不是说明其不稳定呢...

一个虚频都没有那就不是过渡态。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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11楼2015-03-11 12:52:26
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duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-11 12:52:26
一个虚频都没有那就不是过渡态。
...

我说那反应物优化后进行频率分析是不是该有一个虚频呢？搞不清这虚频的具体意义是啥就？还请指点！
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12楼2015-03-11 21:08:19
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duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-11 12:52:26
一个虚频都没有那就不是过渡态。
...

过渡态的那个确实有虚频
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13楼2015-03-11 21:09:36
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
12楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-11 21:08:19
我说那反应物优化后进行频率分析是不是该有一个虚频呢？搞不清这虚频的具体意义是啥就？还请指点！...

非周期体系下，
完全无虚频意味着做的结构是基态的结构，可以是反应物或是产物
一个虚频意味着势能面上仅一个方向是极大的，其余都极小，此时才对应过渡态。

周期体系多出三个无意义的振动自由度，这三个自由度本身没啥意义，频率范围很小，振动模也很小，可以不管。
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14楼2015-03-12 03:04:19
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duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-12 03:04:19
非周期体系下，
完全无虚频意味着做的结构是基态的结构，可以是反应物或是产物
一个虚频意味着势能面上仅一个方向是极大的，其余都极小，此时才对应过渡态。

周期体系多出三个无意义的振动自由度，这三个自由 ...

也就是说反应物优化后进行频率分析没有虚频也是对的，可以有虚频也可以没虚频，是这意思吗？

我的体系是非周期性的团簇结构，经过过渡态确认后经常出现一些能量最低点，有些时候这个能量最低点是反应物，有些时候是类似反应物的构型（就是与反应吸附位置一样，就是稍稍改变了一点点空间构型）那这个类似反应物的构型可以称作是中间体吗？
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15楼2015-03-12 10:39:31
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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15楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-12 10:39:31
也就是说反应物优化后进行频率分析没有虚频也是对的，可以有虚频也可以没虚频，是这意思吗？

我的体系是非周期性的团簇结构，经过过渡态确认后经常出现一些能量最低点，有些时候这个能量最低点是反应物，有些时 ...

反应物和产物或者当中的中间体原则上是没虚频的（除了上述提到的三个无意义的自由度外）

如果是这样的话你得认为判断一下这些局域低点是否能够作为你的中间体，在化学或物理的原理上是否成立，如果能够成立的话就可以作为一条途径。这样的话就要将这个局域低点结构进行结构优化，然后在原有的反应物与这个中间体之间搜索过渡态以及中间体到产物也要搜索过渡态。

建议还是先把反应的路径考虑清楚，到底该分为几步，然后逐步做过渡态的搜索，有时候如果反应的路径可能性比较多，最好结合实验的表征来处理，否则计算的工作量可能相当大。
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16楼2015-03-12 11:04:23
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duantian0529

金虫 (小有名气)
”这些局域低点是否能够作为你的中间体，在化学或物理的原理上是否成立“是如何判断呢？

这些局域低点已经是能量最低点了，还用结构优化呢？不是已经收敛了吗？


还有一个问题，请教一下：
我对一个过渡态进行频率分析，结果出来后想得到那个振动的动画，结果出现了“animating of the current mode:

  Failed to get interface to atomic hessian matrix”这是怎么回事呢？搞不懂，之前没遇见这情况
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17楼2015-03-30 15:00:00
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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17楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-30 15:00:00
”这些局域低点是否能够作为你的中间体，在化学或物理的原理上是否成立“是如何判断呢？

这些局域低点已经是能量最低点了，还用结构优化呢？不是已经收敛了吗？


还有一个问题，请教一下：
我对一个过渡态进 ...

某些局域低点不见得处于你的反应。

后面的问题我也没见过，不知道计算频率的部分是否正常结束。
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18楼2015-03-30 15:55:20
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duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-30 15:55:20
某些局域低点不见得处于你的反应。

后面的问题我也没见过，不知道计算频率的部分是否正常结束。...

怎么确定这些局域地点处于我的反应呢？

计算频率的部分是正常结束的，我也是第一次遇见这种情况
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19楼2015-04-01 14:32:36
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卡开发发

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Ab Initio Amateur
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19楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-04-01 14:32:36
怎么确定这些局域地点处于我的反应呢？

计算频率的部分是正常结束的，我也是第一次遇见这种情况...

过渡态确定啊。

要么退出去不要保存看看，这种情况应该是程序本身的bug。
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20楼2015-04-01 16:00:45
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