应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 关于MS Dmol3模块进行过渡态频率分析
252/3返回列表上一页123下一页
查看: 2373  |  回复: 24
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
10楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-11 12:05:08
要是我的反应物没有独立虚频呢？是不是说明其不稳定呢...

一个虚频都没有那就不是过渡态。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
11楼2015-03-11 12:52:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-11 12:52:26
一个虚频都没有那就不是过渡态。
...

我说那反应物优化后进行频率分析是不是该有一个虚频呢？搞不清这虚频的具体意义是啥就？还请指点！
赞一下 回复此楼
加油哦！
12楼2015-03-11 21:08:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-11 12:52:26
一个虚频都没有那就不是过渡态。
...

过渡态的那个确实有虚频
赞一下 回复此楼
加油哦！
13楼2015-03-11 21:09:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
12楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-11 21:08:19
我说那反应物优化后进行频率分析是不是该有一个虚频呢？搞不清这虚频的具体意义是啥就？还请指点！...

非周期体系下，
完全无虚频意味着做的结构是基态的结构，可以是反应物或是产物
一个虚频意味着势能面上仅一个方向是极大的，其余都极小，此时才对应过渡态。

周期体系多出三个无意义的振动自由度，这三个自由度本身没啥意义，频率范围很小，振动模也很小，可以不管。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
14楼2015-03-12 03:04:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-12 03:04:19
非周期体系下，
完全无虚频意味着做的结构是基态的结构，可以是反应物或是产物
一个虚频意味着势能面上仅一个方向是极大的，其余都极小，此时才对应过渡态。

周期体系多出三个无意义的振动自由度，这三个自由 ...

也就是说反应物优化后进行频率分析没有虚频也是对的，可以有虚频也可以没虚频，是这意思吗？

我的体系是非周期性的团簇结构，经过过渡态确认后经常出现一些能量最低点，有些时候这个能量最低点是反应物，有些时候是类似反应物的构型（就是与反应吸附位置一样，就是稍稍改变了一点点空间构型）那这个类似反应物的构型可以称作是中间体吗？
赞一下 回复此楼
加油哦！
15楼2015-03-12 10:39:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
15楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-12 10:39:31
也就是说反应物优化后进行频率分析没有虚频也是对的，可以有虚频也可以没虚频，是这意思吗？

我的体系是非周期性的团簇结构，经过过渡态确认后经常出现一些能量最低点，有些时候这个能量最低点是反应物，有些时 ...

反应物和产物或者当中的中间体原则上是没虚频的（除了上述提到的三个无意义的自由度外）

如果是这样的话你得认为判断一下这些局域低点是否能够作为你的中间体，在化学或物理的原理上是否成立，如果能够成立的话就可以作为一条途径。这样的话就要将这个局域低点结构进行结构优化，然后在原有的反应物与这个中间体之间搜索过渡态以及中间体到产物也要搜索过渡态。

建议还是先把反应的路径考虑清楚，到底该分为几步，然后逐步做过渡态的搜索，有时候如果反应的路径可能性比较多，最好结合实验的表征来处理，否则计算的工作量可能相当大。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
16楼2015-03-12 11:04:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duantian0529

金虫 (小有名气)
”这些局域低点是否能够作为你的中间体，在化学或物理的原理上是否成立“是如何判断呢？

这些局域低点已经是能量最低点了，还用结构优化呢？不是已经收敛了吗？


还有一个问题，请教一下：
我对一个过渡态进行频率分析，结果出来后想得到那个振动的动画，结果出现了“animating of the current mode:

  Failed to get interface to atomic hessian matrix”这是怎么回事呢？搞不懂，之前没遇见这情况
赞一下 回复此楼
加油哦！
17楼2015-03-30 15:00:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
17楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-30 15:00:00
”这些局域低点是否能够作为你的中间体，在化学或物理的原理上是否成立“是如何判断呢？

这些局域低点已经是能量最低点了，还用结构优化呢？不是已经收敛了吗？


还有一个问题，请教一下：
我对一个过渡态进 ...

某些局域低点不见得处于你的反应。

后面的问题我也没见过，不知道计算频率的部分是否正常结束。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
18楼2015-03-30 15:55:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duantian0529

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-30 15:55:20
某些局域低点不见得处于你的反应。

后面的问题我也没见过，不知道计算频率的部分是否正常结束。...

怎么确定这些局域地点处于我的反应呢？

计算频率的部分是正常结束的，我也是第一次遇见这种情况
赞一下 回复此楼
加油哦！
19楼2015-04-01 14:32:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
19楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-04-01 14:32:36
怎么确定这些局域地点处于我的反应呢？

计算频率的部分是正常结束的，我也是第一次遇见这种情况...

过渡态确定啊。

要么退出去不要保存看看，这种情况应该是程序本身的bug。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
20楼2015-04-01 16:00:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 duantian0529 的主题更新
252/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
[考研] 0703 调剂 +3 我可以上岸的对� 2026-03-16 6/300 2026-03-23 08:52 by 醉在风里
[考研] 307求调剂 +11 冷笙123 2026-03-17 11/550 2026-03-22 20:16 by edmund7
[考研] 环境学硕288求调剂 +6 皮皮皮123456 2026-03-22 6/300 2026-03-22 16:52 by i_cooler
[考研] 306求调剂 +5 来好运来来来 2026-03-22 5/250 2026-03-22 16:17 by BruceLiu320
[考研] 286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！ +4 lemonzzn 2026-03-17 8/400 2026-03-21 22:49 by lemonzzn
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 297求调剂 +11 戏精丹丹丹 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:47 by ColorlessPI
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +14 chaojifeixia 2026-03-19 15/750 2026-03-21 13:24 by zhukairuo
[考研] 一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 材料专业求调剂 +6 hanamiko 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:24 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 求调剂，一志愿:南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] 0856调剂，是学校就去 +8 sllhht 2026-03-19 9/450 2026-03-20 14:25 by 无懈可击111
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +10 慕寒mio 2026-03-16 10/500 2026-03-19 15:26 by 丁丁*
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭