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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » DMOL3过渡态计算中多反应物初始结构的设置
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kingswordscu

铜虫 (正式写手)

[交流] DMOL3过渡态计算中多反应物初始结构的设置

采用DMOL3计算过渡态时候，如果是2个或者2个以上的反应物，初始结构的放置似乎对结果影响很大，2个分子的靠近方式，应该有多种可能，如何进行选择啊？如何进行合理的初始结构位置，间距，角度直接的放置呢？
这是不是只有靠经验和分析呢， 对于多个反应物，怎么能够更加合理的放置初始结构呢？ 我是新手，希望大家给点指导：）
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1楼 2012-08-01 10:24:04
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xrchen66

金虫 (著名写手)
★ ★
kingswordscu(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-08-01 18:49:41
找几个典型的初始结构即可
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3楼2012-08-01 17:21:55
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kingswordscu

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xrchen66 at 2012-08-01 17:21:55
找几个典型的初始结构即可

什么是典型的初始结构啊？
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4楼2012-08-01 20:16:18
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kingswordscu

铜虫 (正式写手)
还想问问， dmol3 中 TS Conformaiton 计算出XSD文件中的结构是什么意思呢？
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5楼2012-08-02 12:53:43
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未央于一

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
kingswordscu(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 金币+2, 新手上路，多鼓励多鼓励 2012-09-28 10:16:39
引用回帖:
5楼: Originally posted by kingswordscu at 2012-08-02 12:53:43
还想问问， dmol3 中 TS Conformaiton 计算出XSD文件中的结构是什么意思呢？

优化后结构的文件，本次计算后的结构文件！这么简单的都不知道，你还算什么劲啊！！！！
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6楼2012-09-28 10:08:07
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strive1231232楼
2012-08-01 13:53   回复  
kingswordscu(金币+1): 谢谢参与
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