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wangyoucheng

新虫 (初入文坛)

[交流] 过渡态搜索中反应物相关问题

各位虫友好！
       我在用MS进行过渡态搜索前需对反应物进行优化，若我的反应物或生成物是两种及以上物质，那这两种物质在一个3D文件里怎么放置，之间距离可以随便放吗，会不会影响最后计算结果。我看过只有一种物质的反应物和生成物的过渡态搜索，不知两种生成物或产物是否一样？

共有4个产物
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1楼 2012-03-14 15:03:43
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369793730

铜虫 (小有名气)
★
wangyoucheng(金币+1): 谢谢参与
如果一开始不知道，哪么拉近点先产生类似范德华力的弱作用力，然后在寻找。
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2楼2012-03-14 16:00:53
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wangyoucheng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 369793730 at 2012-03-14 16:00:53:
如果一开始不知道，哪么拉近点先产生类似范德华力的弱作用力，然后在寻找。

还是没看明白，产生类似范德华的弱作用力是啥意思呢？
我想知道的是这些分析怎么摆放合适，之间的距离有没有限制。
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3楼2012-03-14 17:07:07
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寒心雪

铁虫 (小有名气)
★
wangyoucheng(金币+1): 谢谢参与
个人觉得2楼回答正解，但距离不是最大的问题，方向更重要一些。
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4楼2012-04-18 10:10:54
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wangyoucheng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 寒心雪 at 2012-04-18 10:10:54:
个人觉得2楼回答正解，但距离不是最大的问题，方向更重要一些。

这个方向又怎么确定呢？ 距离和方向怎么摆放才合适？有没有做过这方面的计算？
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5楼2012-04-18 15:52:53
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nedved33

金虫 (小有名气)
★
wangyoucheng(金币+1): 谢谢参与
这个问题我也想知道答案，个人认为两者的距离要进行优化
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6楼2012-04-21 18:41:27
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zhaolei1696

铜虫 (初入文坛)
★
wangyoucheng(金币+1): 谢谢参与
看看过渡态的优化命令，ts/qts,高斯指南里面有，还有就是2A先分开优化，再放到一个3D里面，两个分子之间的距离，适当就好了，毕竟你想要的是什么，我不知道，是考察氢键作用还是别的空间问题
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7楼2012-05-03 10:29:23
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wangyoucheng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhaolei1696 at 2012-05-03 10:29:23:
看看过渡态的优化命令，ts/qts,高斯指南里面有，还有就是2A先分开优化，再放到一个3D里面，两个分子之间的距离，适当就好了，毕竟你想要的是什么，我不知道，是考察氢键作用还是别的空间问题

我想计算产物的活化能垒，现在不清楚两种反应物我空间位置摆放问题。空间位置不一样，计算的结果就不一样。这样就不知道哪个是正确的？
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8楼2012-05-07 08:35:26
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睡眼惺忪的人

银虫 (小有名气)
★
wangyoucheng(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyoucheng at 2012-05-07 08:35:26
我想计算产物的活化能垒，现在不清楚两种反应物我空间位置摆放问题。空间位置不一样，计算的结果就不一样。这样就不知道哪个是正确的？...

对，确实存在这个问题，不知道楼主最后怎么处理的？
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9楼2017-02-14 20:41:12
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睡眼惺忪的人

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyoucheng at 2012-05-07 08:35:26
我想计算产物的活化能垒，现在不清楚两种反应物我空间位置摆放问题。空间位置不一样，计算的结果就不一样。这样就不知道哪个是正确的？...

对，确实存在这个问题，不知道楼主最后怎么处理的？
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10楼2017-02-14 20:41:19
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hopedream

银虫 (著名写手)
★
wangyoucheng(金币+1): 谢谢参与
这么反应物，首先应该怀疑是不是基元反应，如果不是，就不能计算。如果是，楼主就应该看文献看它们可能位置，不能瞎摆。初始结构决定了是否能收敛。

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11楼2017-02-15 07:34:09
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hopedream

银虫 (著名写手)
如果查不到文献数据，你必须尝试所有可能的结构，摆放的位置，根据能量最低原理来筛选，当然这必须是相同的物质，这样比较才有意义

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12楼2017-02-15 07:36:27
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