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过渡态搜索中反应物相关问题
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wangyoucheng
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虫号: 894806
[交流]
过渡态搜索中反应物相关问题
各位虫友好!
我在用MS进行过渡态搜索前需对反应物进行优化,若我的反应物或生成物是两种及以上物质,那这两种物质在一个3D文件里怎么放置,之间距离可以随便放吗,会不会影响最后计算结果。我看过只有一种物质的反应物和生成物的过渡态搜索,不知两种生成物或产物是否一样?
共有4个产物
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1楼
2012-03-14 15:03:43
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wangyoucheng
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7楼
:
Originally posted by
zhaolei1696
at 2012-05-03 10:29:23:
看看过渡态的优化命令,ts/qts,高斯指南里面有,还有就是2A先分开优化,再放到一个3D里面,两个分子之间的距离,适当就好了,毕竟你想要的是什么,我不知道,是考察氢键作用还是别的空间问题
我想计算产物的活化能垒,现在不清楚两种反应物我空间位置摆放问题。空间位置不一样,计算的结果就不一样。这样就不知道哪个是正确的?
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8楼
2012-05-07 08:35:26
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369793730
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★
wangyoucheng(金币+1): 谢谢参与
如果一开始不知道,哪么拉近点先产生类似范德华力的弱作用力,然后在寻找。
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2楼
2012-03-14 16:00:53
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wangyoucheng
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2楼
:
Originally posted by
369793730
at 2012-03-14 16:00:53:
如果一开始不知道,哪么拉近点先产生类似范德华力的弱作用力,然后在寻找。
还是没看明白,产生类似范德华的弱作用力是啥意思呢?
我想知道的是这些分析怎么摆放合适,之间的距离有没有限制。
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3楼
2012-03-14 17:07:07
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寒心雪
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wangyoucheng(金币+1): 谢谢参与
个人觉得2楼回答正解,但距离不是最大的问题,方向更重要一些。
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4楼
2012-04-18 10:10:54
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