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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 过渡态搜索问题
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ji460600985

金虫 (小有名气)

[求助] 过渡态搜索问题 已有2人参与

实验文献中提到：一个有机分子F4-TCNQ（图一）垂直吸附在石墨烯的表面（图二），经过H-Plasma Treatment工艺处理后，F4-TCNQ中的C\N三键发生断裂，只有与石墨烯相邻的N原子吸附在石墨烯表面。

文献中强调：single N atom can be surface-doped onto graphene bt decomposing surface-absorbed F4-TCNQ molecules by gentle H-plasma treatment.The complete disappearance of the Raman signal of N=Cgroups after H-Plasma treatment shows that dissociation of N=C bonds has happened.

想用MS中DMol3来探究中间的过程。
1.N\C三键断裂后，F4-TCNQ的结构式发生什么变化？反应路径？
2.单个N原子由于是四价，为什么能够直接吸附在石墨烯的表面？是否有成键？
3.整个实验是在真空中完成，唯一能参与外来的反应的好像就是H元素了。。。。。

MS小白，没有基础，请问用DFT研究这样的反应步骤需要怎么做？

过渡态搜索问题
图一.png


过渡态搜索问题-1
图二.png
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天下皆白，唯我独黑！
1楼 2015-03-02 21:20:52
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381233029

铁虫 (初入文坛)
★
ljw4010: 金币+1, 谢谢交流！ 2015-05-15 20:16:39
有苯环能貌似很耗时间，我曾经也想做Dmol3的过渡态搜索，可惜中途失败了，也含有苯环，很耗时，吸附位点没有找好，LZ继续努力！
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搞科研要有玩的态度，这样你就会变的牛逼了
2楼2015-05-14 15:17:40
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-05-16 07:04:25
DFT搜索过渡态可以用NEB（nudged elastic band method）来进行，原理就是搜索energy surface的saddle point，然后得到最容易的reaction path以及energy，希望对你有帮助！
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3楼2015-05-16 01:25:08
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xiewei娜

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-16 01:25:08
DFT搜索过渡态可以用NEB（nudged elastic band method）来进行，原理就是搜索energy surface的saddle point，然后得到最容易的reaction path以及energy，希望对你有帮助！

请问你知道怎么看过渡态能垒和反应能量吗？谢谢
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4楼2015-07-11 16:02:22
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xiewei娜

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-16 01:25:08
DFT搜索过渡态可以用NEB（nudged elastic band method）来进行，原理就是搜索energy surface的saddle point，然后得到最容易的reaction path以及energy，希望对你有帮助！

请问在outmol文件中怎么搜索过渡态能垒和反应能量？
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5楼2015-07-11 16:03:58
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)
我没用过dmol3……NEB相关方法去go和谐ogle scholar一下一大把啊我就不详细说明了咯

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2015-07-11 16:22:23
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xitao1234

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiewei娜 at 2015-07-11 16:02:22
请问你知道怎么看过渡态能垒和反应能量吗？谢谢...

你找到了么，我现在也在做

发自小木虫IOS客户端
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7楼2017-10-28 15:27:28
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御风者LIFE

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

能不能分享一下F4-TCNQ的cif文件，谢谢！
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懂得不是太多，会的也不少
8楼2018-04-17 15:36:15
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