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懒羊羊Q

金虫 (小有名气)

[求助] 关于搜索过渡态!

最近在计算小分子过渡态的搜索,一直搜不到。希望大家对参数和结构的调整指点一二!
过渡态没有虚频应该调哪呢?有虚频但是振动方向与原子转移不符,又应该调节哪呢?

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sxm2012

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2013-03-24 14:28:01
没有虚频可试着调节键长或键角,不符的时候我一般果断舍弃。
2楼2013-03-24 14:12:49
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懒羊羊Q

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sxm2012 at 2013-03-24 14:12:49
没有虚频可试着调节键长或键角,不符的时候我一般果断舍弃。

不符情况下的过渡态肯定是不能要,但我觉得不能把这一路径给否定了呀~调节结构时,是不是主要调节转移的原子的位置?还有就是搜过渡态时有且只有一个虚频,过渡态确认后能量最低点却不能跟产物相对应,是不是要把能量最低点的结构取出来优化、搜过渡态、再确认?我这样做了几次,但是总出现不能对应的情况!急啊、、问题有点多,有点杂,希望耐心解答~谢谢啦!

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3楼2013-03-24 17:34:49
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sxm2012

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
懒羊羊Q: 金币+3, 有帮助 2013-03-25 21:28:36
我最近也在尝试找过渡态,你之前的路径可以不舍,就调节你觉得可能的原子之间的键长,或者键角,我就是这样找到的哦。对过渡态做了irc么,看下过渡态的趋势。
4楼2013-03-24 18:41:49
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懒羊羊Q

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sxm2012 at 2013-03-24 18:41:49
我最近也在尝试找过渡态,你之前的路径可以不舍,就调节你觉得可能的原子之间的键长,或者键角,我就是这样找到的哦。对过渡态做了irc么,看下过渡态的趋势。

irc是什么?我用的是DMol。既然没有虚频就不能算过渡态,又怎么看趋势呢?我刚刚接触,什么都不懂,见谅哈~
5楼2013-03-24 21:00:45
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sxm2012

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你之前不是说已经找到只有一个虚频的了么,下一步可以近一步优化,再做IRC分析,forward,和reverse两个方向。看是不是一个方向朝着反应物,一个方向朝着产物。有这个趋势的话就说明找到的这个就是过渡态。
6楼2013-03-24 21:19:14
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sxm2012

木虫 (小有名气)

我没有用过DMol找过渡态哦,俺也是新手。
7楼2013-03-24 21:21:36
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Tracyxi

铜虫 (小有名气)

问一下楼主,虚频是什么,在哪里可以看出来?
8楼2013-03-25 20:50:53
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懒羊羊Q

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Tracyxi at 2013-03-25 20:50:53
问一下楼主,虚频是什么,在哪里可以看出来?

在优化时选上性质frequence,完成后,在tool里找vibrational analysis即可看到。

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9楼2013-03-25 21:27:14
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