应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 热点前沿问题讨论 » G-SSNEB方法的过渡态搜索
81/1返回列表
查看: 2896  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

冰雨雾

铜虫 (小有名气)

[求助] G-SSNEB方法的过渡态搜索

文章中我用Dmol算的过渡态，审稿意见说，It is said that the energy barrier is calculated by NEB method. From the citation, I assume they used the code developed by Henkelman's group. Did they use the old version or the latest version of GSS-NEB (Sheppard, JCP, 2012)? In general, the ordinary NEB method would completely fail in dealing with solid state phase transition. 下载了文章也没看懂，不知有用过Gss-NEB的吗，请指教，非常感谢！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-11-08 16:10:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
Henkelmann的code是要编译到VASP里去的，DMOL里没有。NEB源自Henkelman的师父，VASP里是最早的NEB版本，由于存在‘sliding down'和’corner cutting'问题，找TS时命中率不高，Henkelmann对此作了许多改进，包括‘tangebt NEB'和’climbing NEB'等，GSS-NEB没看过，应该是Henkelmann做了老板之后带的学生干的。
现在去瞅瞅，好久没关注这个方法方面的问题了
赞一下 回复此楼
2楼2013-11-08 21:33:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
呵呵，扫了一眼，gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的
赞一下 回复此楼
3楼2013-11-08 21:58:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gump_813

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-11-10 17:14:24
冰雨雾: 金币+2, ★有帮助 2013-11-19 09:54:58
ssneb是做相变的吧 你如果没做相变 那应该是reviewer弄错了
赞一下 回复此楼
4楼2013-11-09 03:51:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冰雨雾

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-08 21:58:11
呵呵，扫了一眼，gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的

的确是固体相变的，新版本的vasp已经编译进去了吗，能算gss-neb吗？传统的NEB方法算固相转变不准，但是如果仅仅是原子坐标改变，但晶格常数和空间群等都不变，是不是搜过渡态也是准确的呢？非常感谢！
赞一下 回复此楼
5楼2013-11-14 11:26:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰雨雾 at 2013-11-14 11:26:17
的确是固体相变的，新版本的vasp已经编译进去了吗，能算gss-neb吗？传统的NEB方法算固相转变不准，但是如果仅仅是原子坐标改变，但晶格常数和空间群等都不变，是不是搜过渡态也是准确的呢？非常感谢！...

这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的，需要到Henkelmann的主页上取代码，编译时加到VASP里面就可以了，编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明
赞一下 回复此楼
6楼2013-11-14 15:47:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冰雨雾

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的，需要到Henkelmann的主页上取代码，编译时加到VASP里面就可以了，编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

非常感谢！
我看过他的网站的，也明白了编译处理方法，也读了他的文章，不过由于水平有限，很多没读懂。现在看来按照他说的，的确需要重新计算了。不过他网站上的代码感觉跟以前的方法没有区别呀，就是CI-NEB，没觉得有GSS-NEB？
赞一下 回复此楼
7楼2013-11-19 09:53:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

谷小毛

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的，需要到Henkelmann的主页上取代码，编译时加到VASP里面就可以了，编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

请问G-SSNEB与CINEB区别在哪呢？计算一个离子迁移用了SSNEB（本该用CINEB）算的势垒值特别大，是因为isif＝3所有原子势垒叠加的原因吗？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2017-11-08 17:48:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 冰雨雾 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 3/150 2026-08-01 18:51 by Kddn1pB6pAzX
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 7/350 2026-08-01 18:43 by Kddn1pB6pAzX
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 9/450 2026-08-01 18:42 by Kddn1pB6pAzX
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 6/300 2026-08-01 18:37 by Kddn1pB6pAzX
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 8/400 2026-08-01 18:31 by Kddn1pB6pAzX
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 6/300 2026-08-01 18:31 by Kddn1pB6pAzX
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 9/450 2026-08-01 18:30 by Kddn1pB6pAzX
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 9zw1gfyi7x 2026-07-31 8/400 2026-08-01 18:22 by Kddn1pB6pAzX
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 9zw1gfyi7x 2026-07-31 10/500 2026-08-01 18:20 by Kddn1pB6pAzX
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 9zw1gfyi7x 2026-07-31 11/550 2026-08-01 18:17 by Kddn1pB6pAzX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 9zw1gfyi7x 2026-07-31 9/450 2026-08-01 18:10 by Kddn1pB6pAzX
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 9zw1gfyi7x 2026-07-31 9/450 2026-08-01 18:10 by Kddn1pB6pAzX
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 jzg3xk1po8 2026-07-31 12/600 2026-08-01 17:50 by Kddn1pB6pAzX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 jzg3xk1po8 2026-07-31 9/450 2026-08-01 17:43 by Kddn1pB6pAzX
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 9/450 2026-08-01 17:40 by Kddn1pB6pAzX
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 8/400 2026-07-31 18:13 by beefly
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭