24小时热门版块排行榜    

查看: 2954  |  回复: 7

冰雨雾

铜虫 (小有名气)

[求助] G-SSNEB方法的过渡态搜索

文章中我用Dmol算的过渡态,审稿意见说,It is said that the energy barrier is calculated by NEB method. From the citation, I assume they used the code developed by Henkelman's group. Did they use the old version or the latest version of GSS-NEB (Sheppard, JCP, 2012)? In general, the ordinary NEB method would completely fail in dealing with solid state phase transition. 下载了文章也没看懂,不知有用过Gss-NEB的吗,请指教,非常感谢!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

Henkelmann的code是要编译到VASP里去的,DMOL里没有。NEB源自Henkelman的师父,VASP里是最早的NEB版本,由于存在‘sliding down'和’corner cutting'问题,找TS时命中率不高,Henkelmann对此作了许多改进,包括‘tangebt NEB'和’climbing NEB'等,GSS-NEB没看过,应该是Henkelmann做了老板之后带的学生干的。
现在去瞅瞅,好久没关注这个方法方面的问题了
2楼2013-11-08 21:33:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

呵呵,扫了一眼,gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的
3楼2013-11-08 21:58:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gump_813

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-11-10 17:14:24
冰雨雾: 金币+2, 有帮助 2013-11-19 09:54:58
ssneb是做相变的吧 你如果没做相变 那应该是reviewer弄错了
4楼2013-11-09 03:51:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冰雨雾

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-08 21:58:11
呵呵,扫了一眼,gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的

的确是固体相变的,新版本的vasp已经编译进去了吗,能算gss-neb吗?传统的NEB方法算固相转变不准,但是如果仅仅是原子坐标改变,但晶格常数和空间群等都不变,是不是搜过渡态也是准确的呢?非常感谢!
5楼2013-11-14 11:26:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰雨雾 at 2013-11-14 11:26:17
的确是固体相变的,新版本的vasp已经编译进去了吗,能算gss-neb吗?传统的NEB方法算固相转变不准,但是如果仅仅是原子坐标改变,但晶格常数和空间群等都不变,是不是搜过渡态也是准确的呢?非常感谢!...

这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明
6楼2013-11-14 15:47:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冰雨雾

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

非常感谢!
我看过他的网站的,也明白了编译处理方法,也读了他的文章,不过由于水平有限,很多没读懂。现在看来按照他说的,的确需要重新计算了。不过他网站上的代码感觉跟以前的方法没有区别呀,就是CI-NEB,没觉得有GSS-NEB?
7楼2013-11-19 09:53:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

谷小毛

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

请问G-SSNEB与CINEB区别在哪呢?计算一个离子迁移用了SSNEB(本该用CINEB)算的势垒值特别大,是因为isif=3所有原子势垒叠加的原因吗?

发自小木虫Android客户端
8楼2017-11-08 17:48:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 冰雨雾 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +11 kulium 2026-08-21 14/700 2026-08-24 02:12 by 流流伤
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +4 炎黄贵胄 2026-08-22 5/250 2026-08-24 02:09 by 流流伤
[基金申请] 让我中一个面上吧! +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖? +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见