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冰雨雾

铜虫 (小有名气)

[求助] G-SSNEB方法的过渡态搜索

文章中我用Dmol算的过渡态，审稿意见说，It is said that the energy barrier is calculated by NEB method. From the citation, I assume they used the code developed by Henkelman's group. Did they use the old version or the latest version of GSS-NEB (Sheppard, JCP, 2012)? In general, the ordinary NEB method would completely fail in dealing with solid state phase transition. 下载了文章也没看懂，不知有用过Gss-NEB的吗，请指教，非常感谢！！
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1楼 2013-11-08 16:10:51
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hakuna

木虫 (知名作家)
Henkelmann的code是要编译到VASP里去的，DMOL里没有。NEB源自Henkelman的师父，VASP里是最早的NEB版本，由于存在‘sliding down'和’corner cutting'问题，找TS时命中率不高，Henkelmann对此作了许多改进，包括‘tangebt NEB'和’climbing NEB'等，GSS-NEB没看过，应该是Henkelmann做了老板之后带的学生干的。
现在去瞅瞅，好久没关注这个方法方面的问题了
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2楼2013-11-08 21:33:56
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hakuna

木虫 (知名作家)
呵呵，扫了一眼，gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的
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3楼2013-11-08 21:58:11
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gump_813

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-11-10 17:14:24
冰雨雾: 金币+2, ★有帮助 2013-11-19 09:54:58
ssneb是做相变的吧 你如果没做相变 那应该是reviewer弄错了
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4楼2013-11-09 03:51:35
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冰雨雾

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-08 21:58:11
呵呵，扫了一眼，gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的

的确是固体相变的，新版本的vasp已经编译进去了吗，能算gss-neb吗？传统的NEB方法算固相转变不准，但是如果仅仅是原子坐标改变，但晶格常数和空间群等都不变，是不是搜过渡态也是准确的呢？非常感谢！
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5楼2013-11-14 11:26:17
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰雨雾 at 2013-11-14 11:26:17
的确是固体相变的，新版本的vasp已经编译进去了吗，能算gss-neb吗？传统的NEB方法算固相转变不准，但是如果仅仅是原子坐标改变，但晶格常数和空间群等都不变，是不是搜过渡态也是准确的呢？非常感谢！...

这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的，需要到Henkelmann的主页上取代码，编译时加到VASP里面就可以了，编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明
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6楼2013-11-14 15:47:50
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冰雨雾

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的，需要到Henkelmann的主页上取代码，编译时加到VASP里面就可以了，编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

非常感谢！
我看过他的网站的，也明白了编译处理方法，也读了他的文章，不过由于水平有限，很多没读懂。现在看来按照他说的，的确需要重新计算了。不过他网站上的代码感觉跟以前的方法没有区别呀，就是CI-NEB，没觉得有GSS-NEB？
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7楼2013-11-19 09:53:51
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谷小毛

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的，需要到Henkelmann的主页上取代码，编译时加到VASP里面就可以了，编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

请问G-SSNEB与CINEB区别在哪呢？计算一个离子迁移用了SSNEB（本该用CINEB）算的势垒值特别大，是因为isif＝3所有原子势垒叠加的原因吗？

发自小木虫Android客户端
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8楼2017-11-08 17:48:23
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