24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2710  |  回复: 7

冰雨雾

铜虫 (小有名气)

[求助] G-SSNEB方法的过渡态搜索

文章中我用Dmol算的过渡态,审稿意见说,It is said that the energy barrier is calculated by NEB method. From the citation, I assume they used the code developed by Henkelman's group. Did they use the old version or the latest version of GSS-NEB (Sheppard, JCP, 2012)? In general, the ordinary NEB method would completely fail in dealing with solid state phase transition. 下载了文章也没看懂,不知有用过Gss-NEB的吗,请指教,非常感谢!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

Henkelmann的code是要编译到VASP里去的,DMOL里没有。NEB源自Henkelman的师父,VASP里是最早的NEB版本,由于存在‘sliding down'和’corner cutting'问题,找TS时命中率不高,Henkelmann对此作了许多改进,包括‘tangebt NEB'和’climbing NEB'等,GSS-NEB没看过,应该是Henkelmann做了老板之后带的学生干的。
现在去瞅瞅,好久没关注这个方法方面的问题了
2楼2013-11-08 21:33:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

呵呵,扫了一眼,gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的
3楼2013-11-08 21:58:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gump_813

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-11-10 17:14:24
冰雨雾: 金币+2, 有帮助 2013-11-19 09:54:58
ssneb是做相变的吧 你如果没做相变 那应该是reviewer弄错了
4楼2013-11-09 03:51:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冰雨雾

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-08 21:58:11
呵呵,扫了一眼,gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的

的确是固体相变的,新版本的vasp已经编译进去了吗,能算gss-neb吗?传统的NEB方法算固相转变不准,但是如果仅仅是原子坐标改变,但晶格常数和空间群等都不变,是不是搜过渡态也是准确的呢?非常感谢!
5楼2013-11-14 11:26:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰雨雾 at 2013-11-14 11:26:17
的确是固体相变的,新版本的vasp已经编译进去了吗,能算gss-neb吗?传统的NEB方法算固相转变不准,但是如果仅仅是原子坐标改变,但晶格常数和空间群等都不变,是不是搜过渡态也是准确的呢?非常感谢!...

这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明
6楼2013-11-14 15:47:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冰雨雾

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

非常感谢!
我看过他的网站的,也明白了编译处理方法,也读了他的文章,不过由于水平有限,很多没读懂。现在看来按照他说的,的确需要重新计算了。不过他网站上的代码感觉跟以前的方法没有区别呀,就是CI-NEB,没觉得有GSS-NEB?
7楼2013-11-19 09:53:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

谷小毛

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

请问G-SSNEB与CINEB区别在哪呢?计算一个离子迁移用了SSNEB(本该用CINEB)算的势垒值特别大,是因为isif=3所有原子势垒叠加的原因吗?

发自小木虫Android客户端
8楼2017-11-08 17:48:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 冰雨雾 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 286求调剂 +7 草木不言 2026-04-04 7/350 2026-04-10 16:15 by 柴小白
[考研] 283求调剂,工科! +9 苏打水7777 2026-04-08 9/450 2026-04-10 15:52 by mattzhming
[考研] 293调剂 +25 yj1221 2026-04-08 26/1300 2026-04-10 15:02 by 柴小白
[考研] 江苏大学 工科调剂 捡漏 +3 Evan_Liu 2026-04-09 5/250 2026-04-10 10:22 by Evan_Liu
[考研] 化学工程调剂289 +42 yang婷 2026-04-07 48/2400 2026-04-10 09:34 by 690616278
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-05 11/550 2026-04-10 09:32 by 钟洲2011
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +18 梁富贵险中求 2026-04-04 20/1000 2026-04-09 11:18 by 哒哒哒呱呱呱
[考研] 285求调剂 +20 哦呦呼o 2026-04-04 20/1000 2026-04-08 22:23 by yutian743
[考研] 生物学328分求调剂 +9 闪电kkl 2026-04-08 10/500 2026-04-08 21:42 by liuhuiying09
[考研] 318求调剂 +13 ykyhsa 2026-04-05 15/750 2026-04-08 21:37 by wj165256
[考研] 307分材料专业求调剂 +12 Hll胡 2026-04-05 12/600 2026-04-08 16:33 by luoyongfeng
[考研] 283求调剂 +19 A child 2026-04-04 19/950 2026-04-08 14:26 by xingguangj
[考研] 一志愿太原理工大学计算机技术专硕348,求调剂指导 +3 nexious 2026-04-05 3/150 2026-04-07 08:19 by jp9609
[考研] 材料与化工363求推荐 +11 zh096 2026-04-04 11/550 2026-04-06 19:14 by guanxin1001
[考研] 求调剂到材料 +5 程9915 2026-04-06 5/250 2026-04-06 15:21 by yulian1987
[考研] 材料工程310专硕调剂 +14 捞捞我…. 2026-04-04 15/750 2026-04-06 14:18 by lqwchd
[考研] 复试调剂 +5 asdasdassda 2026-04-05 5/250 2026-04-06 09:32 by dongzh2009
[考研] 考研调剂 +11 小sun要好运 2026-04-04 11/550 2026-04-05 08:02 by qlm5820
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
信息提示
请填处理意见