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冰雨雾

铜虫 (小有名气)

[求助] G-SSNEB方法的过渡态搜索

文章中我用Dmol算的过渡态,审稿意见说,It is said that the energy barrier is calculated by NEB method. From the citation, I assume they used the code developed by Henkelman's group. Did they use the old version or the latest version of GSS-NEB (Sheppard, JCP, 2012)? In general, the ordinary NEB method would completely fail in dealing with solid state phase transition. 下载了文章也没看懂,不知有用过Gss-NEB的吗,请指教,非常感谢!!
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hakuna

木虫 (知名作家)

Henkelmann的code是要编译到VASP里去的,DMOL里没有。NEB源自Henkelman的师父,VASP里是最早的NEB版本,由于存在‘sliding down'和’corner cutting'问题,找TS时命中率不高,Henkelmann对此作了许多改进,包括‘tangebt NEB'和’climbing NEB'等,GSS-NEB没看过,应该是Henkelmann做了老板之后带的学生干的。
现在去瞅瞅,好久没关注这个方法方面的问题了
2楼2013-11-08 21:33:56
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hakuna

木虫 (知名作家)

呵呵,扫了一眼,gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的
3楼2013-11-08 21:58:11
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gump_813

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-11-10 17:14:24
冰雨雾: 金币+2, 有帮助 2013-11-19 09:54:58
ssneb是做相变的吧 你如果没做相变 那应该是reviewer弄错了
4楼2013-11-09 03:51:35
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冰雨雾

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-08 21:58:11
呵呵,扫了一眼,gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的

的确是固体相变的,新版本的vasp已经编译进去了吗,能算gss-neb吗?传统的NEB方法算固相转变不准,但是如果仅仅是原子坐标改变,但晶格常数和空间群等都不变,是不是搜过渡态也是准确的呢?非常感谢!
5楼2013-11-14 11:26:17
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hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰雨雾 at 2013-11-14 11:26:17
的确是固体相变的,新版本的vasp已经编译进去了吗,能算gss-neb吗?传统的NEB方法算固相转变不准,但是如果仅仅是原子坐标改变,但晶格常数和空间群等都不变,是不是搜过渡态也是准确的呢?非常感谢!...

这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明
6楼2013-11-14 15:47:50
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冰雨雾

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

非常感谢!
我看过他的网站的,也明白了编译处理方法,也读了他的文章,不过由于水平有限,很多没读懂。现在看来按照他说的,的确需要重新计算了。不过他网站上的代码感觉跟以前的方法没有区别呀,就是CI-NEB,没觉得有GSS-NEB?
7楼2013-11-19 09:53:51
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谷小毛

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

请问G-SSNEB与CINEB区别在哪呢?计算一个离子迁移用了SSNEB(本该用CINEB)算的势垒值特别大,是因为isif=3所有原子势垒叠加的原因吗?

发自小木虫Android客户端
8楼2017-11-08 17:48:23
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