24小时热门版块排行榜    

查看: 2682  |  回复: 7

冰雨雾

铜虫 (小有名气)

[求助] G-SSNEB方法的过渡态搜索

文章中我用Dmol算的过渡态,审稿意见说,It is said that the energy barrier is calculated by NEB method. From the citation, I assume they used the code developed by Henkelman's group. Did they use the old version or the latest version of GSS-NEB (Sheppard, JCP, 2012)? In general, the ordinary NEB method would completely fail in dealing with solid state phase transition. 下载了文章也没看懂,不知有用过Gss-NEB的吗,请指教,非常感谢!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

Henkelmann的code是要编译到VASP里去的,DMOL里没有。NEB源自Henkelman的师父,VASP里是最早的NEB版本,由于存在‘sliding down'和’corner cutting'问题,找TS时命中率不高,Henkelmann对此作了许多改进,包括‘tangebt NEB'和’climbing NEB'等,GSS-NEB没看过,应该是Henkelmann做了老板之后带的学生干的。
现在去瞅瞅,好久没关注这个方法方面的问题了
2楼2013-11-08 21:33:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

呵呵,扫了一眼,gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的
3楼2013-11-08 21:58:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gump_813

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-11-10 17:14:24
冰雨雾: 金币+2, 有帮助 2013-11-19 09:54:58
ssneb是做相变的吧 你如果没做相变 那应该是reviewer弄错了
4楼2013-11-09 03:51:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冰雨雾

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-08 21:58:11
呵呵,扫了一眼,gss-NEB是专门针对固体相变过渡态搜索的

的确是固体相变的,新版本的vasp已经编译进去了吗,能算gss-neb吗?传统的NEB方法算固相转变不准,但是如果仅仅是原子坐标改变,但晶格常数和空间群等都不变,是不是搜过渡态也是准确的呢?非常感谢!
5楼2013-11-14 11:26:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰雨雾 at 2013-11-14 11:26:17
的确是固体相变的,新版本的vasp已经编译进去了吗,能算gss-neb吗?传统的NEB方法算固相转变不准,但是如果仅仅是原子坐标改变,但晶格常数和空间群等都不变,是不是搜过渡态也是准确的呢?非常感谢!...

这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明
6楼2013-11-14 15:47:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冰雨雾

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

非常感谢!
我看过他的网站的,也明白了编译处理方法,也读了他的文章,不过由于水平有限,很多没读懂。现在看来按照他说的,的确需要重新计算了。不过他网站上的代码感觉跟以前的方法没有区别呀,就是CI-NEB,没觉得有GSS-NEB?
7楼2013-11-19 09:53:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

谷小毛

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2013-11-14 15:47:50
这个你得找Henkelmann聊聊
VASP里面是不带这些过渡态搜素方法的,需要到Henkelmann的主页上取代码,编译时加到VASP里面就可以了,编译时怎么处理在Henkelmann的网站上有详细说明...

请问G-SSNEB与CINEB区别在哪呢?计算一个离子迁移用了SSNEB(本该用CINEB)算的势垒值特别大,是因为isif=3所有原子势垒叠加的原因吗?

发自小木虫Android客户端
8楼2017-11-08 17:48:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 冰雨雾 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿中国石油大学(华东) 本科齐鲁工业大学 +3 石能伟 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:22 by JourneyLucky
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +6 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 7/350 2026-03-21 01:03 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华南师大 070300(化学)304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +19 不知道叫什么! 2026-03-15 21/1050 2026-03-20 20:48 by zhukairuo
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 14/700 2026-03-20 09:30 by kkcoco25
[考研] 0703化学调剂 +10 妮妮ninicgb 2026-03-15 14/700 2026-03-19 22:59 by 学员8dgXkO
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +11 yangfz 2026-03-17 11/550 2026-03-19 15:06 by houyaoxu
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 0854可跨调剂,一作一项核心论文五项专利,省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 一志愿南京大学,080500材料科学与工程,调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 080500,材料学硕302分求调剂学校 +4 初识可乐 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:08 by peike
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
信息提示
请填处理意见