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joyomarshal

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于已知序列启动子预测 已有1人参与

大家好，我再做一个植物酶的突变改造，希望能够转入玉米当中表达；
由于，这是个在叶片与胚乳同时表达的淀粉改造酶，但是，只有胚乳改造才是我们所需求的，我想用zmZ27作为组织特异化的启动子，
然后，导师生怕会影响植物生长的问题，所以，建议我用这个酶原有的启动子，但是，我没有找到相关的文章，只找到CDS之前的序列，
我查了一下，大家都说CDS之前2000bp一般有启动子，但是，我生怕直接截取之前2000bp（2000bp全是非编码链）会不会有影响；因此希望能够问一下，有谁能够指导我一下，最好能够QQ或者其他联系手段，谢谢
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1楼 2015-03-02 13:07:40
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xuweitao

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-03-05 10:20:33
2kbp应该可以的， 但是就是不确定你的基因5'UTR有多长，5'UTR太长的话2k可能还不够。
可以考虑先选取包括该基因前后各10 kbp 的序列, 用软件（网站）预测周围的基因都怎么分布的。确定各个基因TSS和polyA在哪里。 把你的基因TSS到前一个基因对应的PolyA或者TSS之间的部分当做启动子吧。

基因预测网站可以用softberry.
http://www.softberry.com/berry.p ... ;amp;subgroup=gfind
有关于植物基因预测的汇总页：
http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=case_study_plants
该网站也有可以预测启动子的程序，不知道准确度如何。
http://linux1.softberry.com/berr ... p;subgroup=promoter
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2楼2015-03-05 04:28:06
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