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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 粗粒化建模请教--如何搭建可在lammps运行的模型
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Ergon

金虫 (著名写手)

[求助] 粗粒化建模请教--如何搭建可在lammps运行的模型 已有1人参与

各位大神，小弟想要做些粗粒化方面的模拟。有个论文是模拟粗粒化石墨烯的。高了好些天模型没搭建好。
想问的问题是怎么搭建粗粒化模型？软件？

（PS小弟曾用materials studio搭建了一个石墨烯的粗粒化模型跟图片像是，但是导出car格式的数据没有坐标等信息）

粗粒化建模请教--如何搭建可在lammps运行的模型
石墨烯粗粒化.GIF
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认真生活
1楼 2015-01-30 23:04:46
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庄晟逸

银虫 (小有名气)
你好，请问一下楼主，怎么用MS搭建出来一个正方形的单层石墨烯呢？我搭出来的都是长方形的，想求教一下啊，谢谢你
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彻底的唯物主义者是无所畏惧的！
4楼2017-07-04 17:32:04
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Ergon: 金币+20, ★有帮助 2015-07-29 11:16:42
粗粒化的思想说起来是很简单的，但是具体做起来，尤其是具体到某一种物质的时候就变得比较复杂。难点1、如何搭建好粗粒化模型，即你现在遇到的问题，通常是根据实验结果和经验或者尝试而完成的，即常说的粗粒化映射。难点2、粗粒化势函数的构造也就是我们常说的力场。这个可以说是搭建的力场在不影响模拟结果的前提下越简单越好。难点3，当有较好的力场时，我们还要考虑模型之间的信息传递，即常用的方法有MS-CG，RMC\IBM和RE等，这可以理解为势能函数的参数优化处理。然后才是利用所建粗粒模型来研究体系的性质。这里的1、2主要依赖于经验和直觉（可以利用已有文献结果）3，主要是理论分析和数学方法的选择(MS-CG，RMC\IBM和RE)。4、较为简单，就是模拟需要的结果。若借助于已有的软件可能会简单许多，前提是，有软件，会用软件。我没有用软件，所以不敢多说，但是在文献中大多都是lammps、VOTCA和gromacs。
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2楼2015-02-01 09:36:48
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1205100321

新虫 (初入文坛)
您好，我正好要用MS粗粒化石墨烯，新手花了好久摸不到头绪，可以指点下我具体实操，或者发一份您模拟的石墨烯粗粒化文件到我邮箱zbr1057856363@163.com吗，感激不尽
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3楼2016-12-06 21:41:44
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韩述8880

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-02-01 09:36:48
粗粒化的思想说起来是很简单的，但是具体做起来，尤其是具体到某一种物质的时候就变得比较复杂。难点1、如何搭建好粗粒化模型，即你现在遇到的问题，通常是根据实验结果和经验或者尝试而完成的，即常说的粗粒化映射 ...

您好 请问，MS—CG 的 导出 您做出来了吗
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5楼2018-09-05 20:01:53
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