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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 计算模型坐标的导入
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tangbaozi

铁虫 (小有名气)

[求助] 计算模型坐标的导入

各位虫友，恳请大家帮我解答这个疑问：
我看到文献里面的这个模型的坐标，于是我复制下来，粘到TXT里面，再将文档后缀换成mol，但是放入到MS 里面之后却不能得到模型。我讲TXT里面的内容粘下来了，请大家帮忙看看，新学MS，不胜感激。
Au 0.06620 0.03270 0.01460
Au 0.07490 -1.47650 -2.35720
Au 0.02820 1.49720 -2.35830
Au -2.33330 -0.04570 -1.47730
Au 2.45520 0.11950 -1.43540
Au -1.41840 -2.40620 -0.02230
Au 1.60290 -2.32610 -0.00770
Au -1.49520 2.35620 0.01940
Au 1.53750 2.53060 0.06090
Au -2.34740 -0.07090 1.47220
Au 2.44220 0.07860 1.49130
Au 0.04780 -1.53130 2.35050
Au 0.00330 1.43570 2.42090
Au 0.02610 -2.97200 -4.75160
Au -0.06540 2.96910 -4.72450
Au -4.71560 -0.14450 -2.97750
Au 4.76270 0.14380 -2.89380
Au -2.87410 -4.81730 -0.05820
Au 3.06100 -4.70460 -0.03210
Au -3.25450 4.56510 0.03810
Au -4.74790 -0.20610 2.93740
Au 4.73230 0.05630 2.98010
Au -0.02860 -3.09630 4.70450
Au -0.12740 2.84690 4.82060
Au -0.07660 -0.02550 -4.92090
Au -2.40420 -1.57080 -4.00760
Au 2.45030 -1.49850 -4.04590
Au -1.42830 -4.04530 -2.46920
Au 1.54110 -4.02070 -2.47790
Au -2.47870 1.45600 -3.99020
Au 2.34300 1.38260 -4.16590
Au -1.75170 3.89960 -2.44760
Au 1.13980 4.17240 -2.31170
Au -3.90980 -2.55850 -1.59240
Au -4.07100 2.30540 -1.55910
Au -4.89120 -0.13050 -0.01910
Au 3.92680 -2.50850 -1.80040
Au 3.61740 2.73900 -1.97230
Au 4.93160 -0.54080 0.03110
Au 0.09630 -4.90110 -0.04010
Au -3.93080 -2.58920 1.50920
Au -1.45640 -4.10370 2.38310
Au 3.91610 -2.56030 1.79900
Au 1.52260 -4.07080 2.42290
Au -0.34520 4.93360 0.08520
Au -4.08970 2.27180 1.57170
Au -1.77860 3.81910 2.53410
Au 3.59990 2.67490 2.13200
Au 1.12350 4.10310 2.46680
Au -2.45300 -1.67230 3.95560
Au -2.53180 1.35360 4.03060
Au 2.40620 -1.61390 4.05130
Au 2.29220 1.25440 4.26750
Au -0.14040 -0.15560 4.94830
S 4.37160 6.81250 0.04090
C 3.22220 8.13680 -0.49300
C 2.29530 8.65900 0.62340
H 3.86320 8.96670 -0.83800
H 2.60850 7.80380 -1.34310
C 1.11090 7.70770 0.87310
N 2.95240 8.87470 1.92410
H 1.84730 9.60890 0.27850
O 0.42800 7.25110 -0.05140
O 0.90290 7.44820 2.15660
H 1.67570 7.99860 2.58930
H 3.80820 8.29000 1.94920
H 3.21440 9.85520 2.07510
Au 3.10000 4.81980 0.11150
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1楼 2014-10-17 10:00:05
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch: 金币+3, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-20 19:16:12
mol、cif、cdx、msi、xsd等等结构的文件有各自的格式，不是说你把坐标写进去就可以了

举个甲烷分子的mol的例子
计算模型坐标的导入

除了当中的5个原子坐标，其他的我不清楚代表什么意思

你要是看不懂就一个个坐标输入吧
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-10-17 14:10:24
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aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)
弄个xyz的文件最简单
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3楼2014-10-17 16:14:19
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tangbaozi

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-17 14:10:24
mol、cif、cdx、msi、xsd等等结构的文件有各自的格式，不是说你把坐标写进去就可以了

举个甲烷分子的mol的例子


除了当中的5个原子坐标，其他的我不清楚代表什么意思

你要是看不懂就一个个坐标输入吧...

谢谢你的回复。不知道有没有系统的资料是讲这个格式的。
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4楼2014-10-18 10:26:23
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tangbaozi

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aaq2800 at 2014-10-17 16:14:19
弄个xyz的文件最简单

我不是很明白，麻烦你稍微详细的解答一下，不慎感激。
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5楼2014-10-18 10:27:13
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aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-20 19:16:24
引用回帖:
5楼: Originally posted by tangbaozi at 2014-10-18 10:27:13
我不是很明白，麻烦你稍微详细的解答一下，不慎感激。...

就是xzy格式的文件，先以txt格式把坐标复制进来，再改成*.xyz格式就成，xyz格式的最简单，不象其他格式文件有许多要求，给你看个例子
               
    15

Al            1.936457            0.886786            0.873761
Al            0.887211            1.284802           -1.694369
Al            0.915452           -1.522130            1.851198
Al           -1.886917            1.537744           -1.477159
Al           -0.753197           -2.608860           -0.107145
Al           -0.217533            2.628382            0.481785
Al           -2.908564           -0.871268           -0.499831
Al           -1.858092           -1.268364            2.067936
Al           -2.562126            1.297727            1.231929
Al            1.591297           -1.281601           -0.857531
Al           -0.767657           -0.883147           -2.303832
Al           -0.203467            0.899693            2.678255
C            -0.485865            0.008236            0.187003
O            -0.216034            4.094169           -2.956409
O            -0.170197            4.734041           -1.926278
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tangbaozi
6楼2014-10-19 09:20:31
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tangbaozi

铁虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by aaq2800 at 2014-10-19 09:20:31
就是xzy格式的文件，先以txt格式把坐标复制进来，再改成*.xyz格式就成，xyz格式的最简单，不象其他格式文件有许多要求，给你看个例子
               
    15

Al            1.936457            0.886786    ...

谢谢你 ！
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7楼2014-10-20 20:50:11
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