应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 计算模型坐标的导入
71/1返回列表
查看: 2058  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tangbaozi

铁虫 (小有名气)

[求助] 计算模型坐标的导入

各位虫友，恳请大家帮我解答这个疑问：
我看到文献里面的这个模型的坐标，于是我复制下来，粘到TXT里面，再将文档后缀换成mol，但是放入到MS 里面之后却不能得到模型。我讲TXT里面的内容粘下来了，请大家帮忙看看，新学MS，不胜感激。
Au 0.06620 0.03270 0.01460
Au 0.07490 -1.47650 -2.35720
Au 0.02820 1.49720 -2.35830
Au -2.33330 -0.04570 -1.47730
Au 2.45520 0.11950 -1.43540
Au -1.41840 -2.40620 -0.02230
Au 1.60290 -2.32610 -0.00770
Au -1.49520 2.35620 0.01940
Au 1.53750 2.53060 0.06090
Au -2.34740 -0.07090 1.47220
Au 2.44220 0.07860 1.49130
Au 0.04780 -1.53130 2.35050
Au 0.00330 1.43570 2.42090
Au 0.02610 -2.97200 -4.75160
Au -0.06540 2.96910 -4.72450
Au -4.71560 -0.14450 -2.97750
Au 4.76270 0.14380 -2.89380
Au -2.87410 -4.81730 -0.05820
Au 3.06100 -4.70460 -0.03210
Au -3.25450 4.56510 0.03810
Au -4.74790 -0.20610 2.93740
Au 4.73230 0.05630 2.98010
Au -0.02860 -3.09630 4.70450
Au -0.12740 2.84690 4.82060
Au -0.07660 -0.02550 -4.92090
Au -2.40420 -1.57080 -4.00760
Au 2.45030 -1.49850 -4.04590
Au -1.42830 -4.04530 -2.46920
Au 1.54110 -4.02070 -2.47790
Au -2.47870 1.45600 -3.99020
Au 2.34300 1.38260 -4.16590
Au -1.75170 3.89960 -2.44760
Au 1.13980 4.17240 -2.31170
Au -3.90980 -2.55850 -1.59240
Au -4.07100 2.30540 -1.55910
Au -4.89120 -0.13050 -0.01910
Au 3.92680 -2.50850 -1.80040
Au 3.61740 2.73900 -1.97230
Au 4.93160 -0.54080 0.03110
Au 0.09630 -4.90110 -0.04010
Au -3.93080 -2.58920 1.50920
Au -1.45640 -4.10370 2.38310
Au 3.91610 -2.56030 1.79900
Au 1.52260 -4.07080 2.42290
Au -0.34520 4.93360 0.08520
Au -4.08970 2.27180 1.57170
Au -1.77860 3.81910 2.53410
Au 3.59990 2.67490 2.13200
Au 1.12350 4.10310 2.46680
Au -2.45300 -1.67230 3.95560
Au -2.53180 1.35360 4.03060
Au 2.40620 -1.61390 4.05130
Au 2.29220 1.25440 4.26750
Au -0.14040 -0.15560 4.94830
S 4.37160 6.81250 0.04090
C 3.22220 8.13680 -0.49300
C 2.29530 8.65900 0.62340
H 3.86320 8.96670 -0.83800
H 2.60850 7.80380 -1.34310
C 1.11090 7.70770 0.87310
N 2.95240 8.87470 1.92410
H 1.84730 9.60890 0.27850
O 0.42800 7.25110 -0.05140
O 0.90290 7.44820 2.15660
H 1.67570 7.99860 2.58930
H 3.80820 8.29000 1.94920
H 3.21440 9.85520 2.07510
Au 3.10000 4.81980 0.11150
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-10-17 10:00:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch: 金币+3, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-20 19:16:12
mol、cif、cdx、msi、xsd等等结构的文件有各自的格式，不是说你把坐标写进去就可以了

举个甲烷分子的mol的例子
计算模型坐标的导入

除了当中的5个原子坐标，其他的我不清楚代表什么意思

你要是看不懂就一个个坐标输入吧
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-10-17 14:10:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)
弄个xyz的文件最简单
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-17 16:14:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tangbaozi

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-17 14:10:24
mol、cif、cdx、msi、xsd等等结构的文件有各自的格式，不是说你把坐标写进去就可以了

举个甲烷分子的mol的例子


除了当中的5个原子坐标，其他的我不清楚代表什么意思

你要是看不懂就一个个坐标输入吧...

谢谢你的回复。不知道有没有系统的资料是讲这个格式的。
赞一下 回复此楼
4楼2014-10-18 10:26:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tangbaozi

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aaq2800 at 2014-10-17 16:14:19
弄个xyz的文件最简单

我不是很明白，麻烦你稍微详细的解答一下，不慎感激。
赞一下 回复此楼
5楼2014-10-18 10:27:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-20 19:16:24
引用回帖:
5楼: Originally posted by tangbaozi at 2014-10-18 10:27:13
我不是很明白，麻烦你稍微详细的解答一下，不慎感激。...

就是xzy格式的文件，先以txt格式把坐标复制进来，再改成*.xyz格式就成，xyz格式的最简单，不象其他格式文件有许多要求，给你看个例子
               
    15

Al            1.936457            0.886786            0.873761
Al            0.887211            1.284802           -1.694369
Al            0.915452           -1.522130            1.851198
Al           -1.886917            1.537744           -1.477159
Al           -0.753197           -2.608860           -0.107145
Al           -0.217533            2.628382            0.481785
Al           -2.908564           -0.871268           -0.499831
Al           -1.858092           -1.268364            2.067936
Al           -2.562126            1.297727            1.231929
Al            1.591297           -1.281601           -0.857531
Al           -0.767657           -0.883147           -2.303832
Al           -0.203467            0.899693            2.678255
C            -0.485865            0.008236            0.187003
O            -0.216034            4.094169           -2.956409
O            -0.170197            4.734041           -1.926278
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tangbaozi
6楼2014-10-19 09:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tangbaozi

铁虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by aaq2800 at 2014-10-19 09:20:31
就是xzy格式的文件，先以txt格式把坐标复制进来，再改成*.xyz格式就成，xyz格式的最简单，不象其他格式文件有许多要求，给你看个例子
               
    15

Al            1.936457            0.886786    ...

谢谢你 ！
回复此楼
7楼2014-10-20 20:50:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tangbaozi 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭