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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 有坐标怎么看结构啊？
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hustzju

木虫 (著名写手)

[求助] 有坐标怎么看结构啊？

只有优化后的坐标，supporting information里只给了坐标，
怎么能看到结构？
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1楼 2012-07-06 16:06:52
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
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zhou2009: 金币+2 2012-07-06 17:25:02
用可视化软件，例如gaussview
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2楼2012-07-06 16:12:45
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Siriusgoul

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2012-07-06 17:25:34
楼上正解……
看他给的坐标文件是什么格式，如果是.mol  .pdb .gjf .com 什么的GaussView都轻松搞定，还有类似于简单的.xyz格式的话chemcraft,DSviewPro也可应对，后面俩软件也挺好用的，可用于很多格式。
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3楼2012-07-06 17:06:45
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hustzju

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gmy1990 at 2012-07-06 16:12:45
用可视化软件，例如gaussview

这个我知道啊，算完后用这个看吗问题的。
但现在是只有坐标数据，没有其他的，该怎么导入？
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4楼2012-07-06 18:53:16
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hustzju

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Siriusgoul at 2012-07-06 17:06:45
楼上正解……
看他给的坐标文件是什么格式，如果是.mol  .pdb .gjf .com 什么的GaussView都轻松搞定，还有类似于简单的.xyz格式的话chemcraft,DSviewPro也可应对，后面俩软件也挺好用的，可用于很多格式。

只有坐标如下，该怎么看？
1          6             0        2.208625   -0.236974   -0.051544
2          6             0        1.925269    1.198495   -0.179844
3          6             0        0.690545    1.690312   -0.019408
4          6             0       -0.473454    0.808470    0.358213
5          6             0       -0.230135   -0.654483    0.140890
6          7             0        1.032546   -1.073025    0.105002
7          6             0       -1.850190    1.277727   -0.001033
8          6             0       -2.857332    0.395125   -0.191187
9          6             0       -2.591106   -1.016389   -0.139272
10          6             0       -1.328666   -1.536889    0.029420
11          8             0        3.285627   -0.773684   -0.094914
12          1             0        1.240278   -2.070505    0.058720
13          1             0        2.778553    1.825840   -0.412898
14          1             0        0.496631    2.756521   -0.098514
15          1             0       -0.517874    0.863587    1.475408
16          1             0       -2.022851    2.350254   -0.006126
17          1             0       -3.868253    0.735765   -0.387465
18          1             0       -3.421667   -1.704366   -0.273236
19          1             0       -1.158990   -2.608816   -0.008996
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5楼2012-07-06 18:56:46
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Siriusgoul

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by hustzju at 2012-07-06 18:53:16
这个我知道啊，算完后用这个看吗问题的。
但现在是只有坐标数据，没有其他的，该怎么导入？...

如果你非要用GaussView的话就稍微加点格式信息参照其他的.mol2或是.gjf文件把它写成这些格式的，坐标部分把你要用的来替换了就成。不过我说了，只有坐标数据，而且是笛卡尔.xyz数据形式的话，可以用其他软件例如chemcraft等打开哦……希望有帮助，呵呵……
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6楼2012-07-06 19:01:22
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Siriusgoul

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hustzju at 2012-07-06 18:56:46
只有坐标如下，该怎么看？
1          6             0        2.208625   -0.236974   -0.051544
2          6             0        1.925269    1.198495   -0.179844
3          6             0        0. ...

嗯，最前面那行就是原子编号，一般要把它换成具体元素符号，改成xyz的最简单，其他还麻烦，比如：
29
Energy = -1126.741833063
C    -5.1211966   -0.1227266   -1.0901835
C    -3.8261712   -0.4316819   -0.6922856
C    -3.4188691   -0.1889590    0.6238658
C    -4.3366821    0.3598495    1.5255061
C    -5.6371449    0.6468566    1.1265669
C    -6.0345835    0.4117603   -0.1857055
S    -1.8082166   -0.6191296    1.2171735
C    -0.6378919    0.0511079   -0.1019492
O    -1.0752776    0.6057652   -1.0902309
C     0.7081936   -0.2109113    0.2823566
C     1.7668326    0.1807583   -0.5094973
C     3.1512450    0.0134278   -0.3016604
C     4.0749579    0.4924392   -1.2762685
C     5.4264693    0.3584002   -1.1408882
C     6.0218800   -0.2862816    0.0152296
C     5.0636145   -0.7663414    1.0010913
C     3.7174538   -0.6214219    0.8439907
O     7.2558905   -0.4207836    0.1588071
H     0.8634739   -0.7272205    1.2211417
H     1.4891470    0.6906485   -1.4292315
H     3.6699133    0.9813263   -2.1586946
H     6.1054478    0.7324780   -1.8992331
H     5.4735770   -1.2516138    1.8802768
H     3.0531440   -0.9992840    1.6144087
H    -5.4198379   -0.3074401   -2.1157092
H    -3.1241554   -0.8484892   -1.3988304
H    -4.0210031    0.5650948    2.5409998
H    -6.3357672    1.0673152    1.8409780
H    -7.0444431    0.6450568   -0.5020243
能量就不用管，就只要元素和坐标，最上面的数字是原子数
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7楼2012-07-06 19:08:11
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hustzju

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Siriusgoul at 2012-07-06 19:08:11
嗯，最前面那行就是原子编号，一般要把它换成具体元素符号，改成xyz的最简单，其他还麻烦，比如：
29
Energy = -1126.741833063
C    -5.1211966   -0.1227266   -1.0901835
C    -3.8261712   -0.4316819    ...

只要换成元素符号就可以吗？
C                    2.208625   -0.236974   -0.051544
C                    1.925269    1.198495   -0.179844
C                   0.690545    1.690312   -0.019408
C                   -0.473454    0.808470    0.358213
C                  -0.230135   -0.654483    0.140890
N                   1.032546   -1.073025    0.105002
C                  -1.850190    1.277727   -0.001033
C                   -2.857332    0.395125   -0.191187
C                  -2.591106   -1.016389   -0.139272
C                  -1.328666   -1.536889    0.029420
O                   3.285627   -0.773684   -0.094914
H                   1.240278   -2.070505    0.058720
H                   2.778553    1.825840   -0.412898
H                  0.496631    2.756521   -0.098514
H                 -0.517874    0.863587    1.475408
H                -2.022851    2.350254   -0.006126
H                  -3.868253    0.735765   -0.387465
H                -3.421667   -1.704366   -0.273236
H                 -1.158990   -2.608816   -0.008996
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8楼2012-07-06 19:52:04
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Siriusgoul

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hustzju at 2012-07-06 19:52:04
只要换成元素符号就可以吗？
C                    2.208625   -0.236974   -0.051544
C                    1.925269    1.198495   -0.179844
C                   0.690545    1.690312   -0.019408
C      ...

你可以试试，还有，坐标数据一定要对齐，不能像你在这给出的歪歪扭扭的。注意格式……
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9楼2012-07-06 20:59:50
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
有坐标还不简单？   随便把坐标copy出来  修改成gaussview能认的格式即可
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10楼2012-07-06 21:13:22
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