[交流] 【求助】优化结构前后，怎么看原子移动多少

» 猜你喜欢

申请2026年博士已经有6人回复
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。已经有5人回复
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗已经有7人回复
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入已经有5人回复
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件已经有6人回复
2025冷门绝学什么时候出结果已经有7人回复
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗已经有6人回复
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了已经有7人回复
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢已经有5人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生已经有6人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

求助如何固定原子坐标进行优化，快搞疯了已经有16人回复
新手请教用NEB方法计算energy barrier. 已经有15人回复
用Siesta进行掺杂后的结构优化时，为什么作用在每个原子上的力是振荡的？已经有5人回复
MS 32原子金属体系结构优化问题求助已经有4人回复
如何用高斯固定部分原子进行优化已经有4人回复
请大家帮帮忙，看看这CASTEP结构优化怎么失败了已经有11人回复
结构弛豫后原子的位移（displacement）怎么看已经有11人回复
【求助完毕】vasp-slab-边界附近原子顶位吸附小分子的结构优化很难收敛吗？已经有5人回复
【求助完毕】VASP结构优化时离子步原子是如何移动的？已经有6人回复
【求助】在结构优化时怎样固定大量原子？已经有5人回复
【求助】结构优化时如何将原子位置固定在原胞内已经有9人回复
【求助】关于dmol中部分原子固定的几何优化问题已经有10人回复
【求助】优化过程中结构中的两个原子为什么越跑越近，直至相接已经有25人回复

1楼2010-08-24 15:47:54

江山8806

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1175.9
散金: 5
红花: 1
帖子: 177
在线: 175小时
虫号: 769154
注册: 2009-05-13
性别: MM
专业: 污染控制化学

★
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-08-24 16:29:28
jdy19862002(金币+1): 2010-08-24 16:48:59

可以看动画的。
MS中有动画功能。你结构优化后好像有个轨迹文件，打开后用动画看。

[ Last edited by 江山8806 on 2010-8-24 at 15:51 ]

2楼2010-08-24 15:49:15

jdy19862002

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1217.5
散金: 111
红花: 1
帖子: 312
在线: 155.8小时
虫号: 361174
注册: 2007-05-03
性别: GG
专业: 环境化工

移动多少的具体数值能看到吗？
我记得原来听谁说过放到同一坐标下比较

3楼2010-08-24 16:48:49

江山8806

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1175.9
散金: 5
红花: 1
帖子: 177
在线: 175小时
虫号: 769154
注册: 2009-05-13
性别: MM
专业: 污染控制化学

★
aylayl08(金币+1):感谢讨论，欢迎常来 2010-08-24 17:44:14

引用回帖:

Originally posted by jdy19862002 at 2010-08-24 16:48:49:
移动多少的具体数值能看到吗？
我记得原来听谁说过放到同一坐标下比较

呵呵，同意坐标下比较？这个不清呢。你要这么清楚的知道移动多少有什么目的呢？

4楼2010-08-24 17:31:10

aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

1ST强帖: 1
应助: 3 (幼儿园)
贵宾: 4.825
金币: 18823.7
散金: 2180
红花: 34
沙发: 48
帖子: 16357
在线: 824小时
虫号: 533169
注册: 2008-03-26
专业: 无机非金属基复合材料
管辖: 量子化学

jdy19862002(金币+2): 2010-08-24 19:43:52

引用回帖:

Originally posted by jdy19862002 at 2010-08-24 16:48:49:
移动多少的具体数值能看到吗？
我记得原来听谁说过放到同一坐标下比较

话说，意义并不大吧，坐标值都有了，数值比较即可。把坐标画到一个图里不难做到，不过位移不大的话很难看啊。

珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。

5楼2010-08-24 17:45:45

fu19871111

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1163
散金: 2
红花: 1
帖子: 565
在线: 102.9小时
虫号: 782703
注册: 2009-05-30
性别: GG
专业: 高分子模拟

引用回帖:

Originally posted by aylayl08 at 2010-08-24 17:45:45:

话说，意义并不大吧，坐标值都有了，数值比较即可。把坐标画到一个图里不难做到，不过位移不大的话很难看啊。

坐标值怎么得到？

6楼2010-08-26 09:49:00

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

1ST强帖: 5
应助: 93 (初中生)
贵宾: 0.636
金币: 5937
散金: 1063
红花: 38
沙发: 2
帖子: 2499
在线: 588.7小时
虫号: 995125
注册: 2010-04-12
性别: GG
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

jdy19862002(金币+1): 2010-08-26 10:47:13

引用回帖:

Originally posted by jdy19862002 at 2010-08-24 15:47:54:
谢谢大家
看前后的坐标感觉有点麻烦呀

楼主把数据copy到excel里然后用把两列相减不就算出来了

嘟啦啦嘟啦啦嘟

7楼2010-08-26 09:54:10

aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

1ST强帖: 1
应助: 3 (幼儿园)
贵宾: 4.825
金币: 18823.7
散金: 2180
红花: 34
沙发: 48
帖子: 16357
在线: 824小时
虫号: 533169
注册: 2008-03-26
专业: 无机非金属基复合材料
管辖: 量子化学

★
jdy19862002(金币+1): 2010-08-26 10:47:18
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-09-01 17:07:29
jdy19862002(金币+1): 2010-09-03 00:27:36

在结果文件里，如.castep.也可以根据三维文档export相应的结构数据

珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。

8楼2010-08-26 09:58:24

fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

1ST强帖: 9
应助: 272 (大学生)
贵宾: 1.045
金币: 21814.1
散金: 710
红花: 33
沙发: 1
帖子: 1808
在线: 1601小时
虫号: 621341
注册: 2008-10-09
性别: GG
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
管辖: 第一性原理

★
jdy19862002(金币+1): 2010-08-26 10:47:23
zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-09-01 17:07:41
jdy19862002(金币+1): 2010-09-03 00:27:41

恩，这个简单。
优化前后的坐标都有了，写个小程序对应相减不就出来了。

9楼2010-08-26 10:25:36

s20080718

金虫 (著名写手)

发现问题、分析问题、解决问题

应助: 94 (初中生)
金币: 1408.7
散金: 4131
红花: 8
帖子: 1716
在线: 462.5小时
虫号: 707186
注册: 2009-02-23
性别: GG
专业: 环境化工

★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-09-01 17:07:56

应该是优化前后两个坐标减楼上正解

解决问题的关键在于大家一起用心交流！

10楼2010-08-31 09:50:08