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hustzju

木虫 (著名写手)

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[求助] 有坐标怎么看结构啊？

只有优化后的坐标，supporting information里只给了坐标，
怎么能看到结构？

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1楼 2012-07-06 16:06:52

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Siriusgoul

铜虫 (初入文坛)

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引用回帖:

5楼: Originally posted by hustzju at 2012-07-06 18:56:46
只有坐标如下，该怎么看？
1       6          0       2.208625 -0.236974 -0.051544
2       6          0       1.925269 1.198495 -0.179844
3       6          0       0. ...

嗯，最前面那行就是原子编号，一般要把它换成具体元素符号，改成xyz的最简单，其他还麻烦，比如：
29
Energy = -1126.741833063
C -5.1211966 -0.1227266 -1.0901835
C -3.8261712 -0.4316819 -0.6922856
C -3.4188691 -0.1889590 0.6238658
C -4.3366821 0.3598495 1.5255061
C -5.6371449 0.6468566 1.1265669
C -6.0345835 0.4117603 -0.1857055
S -1.8082166 -0.6191296 1.2171735
C -0.6378919 0.0511079 -0.1019492
O -1.0752776 0.6057652 -1.0902309
C    0.7081936 -0.2109113 0.2823566
C    1.7668326 0.1807583 -0.5094973
C    3.1512450 0.0134278 -0.3016604
C    4.0749579 0.4924392 -1.2762685
C    5.4264693 0.3584002 -1.1408882
C    6.0218800 -0.2862816 0.0152296
C    5.0636145 -0.7663414 1.0010913
C    3.7174538 -0.6214219 0.8439907
O    7.2558905 -0.4207836 0.1588071
H    0.8634739 -0.7272205 1.2211417
H    1.4891470 0.6906485 -1.4292315
H    3.6699133 0.9813263 -2.1586946
H    6.1054478 0.7324780 -1.8992331
H    5.4735770 -1.2516138 1.8802768
H    3.0531440 -0.9992840 1.6144087
H -5.4198379 -0.3074401 -2.1157092
H -3.1241554 -0.8484892 -1.3988304
H -4.0210031 0.5650948 2.5409998
H -6.3357672 1.0673152 1.8409780
H -7.0444431 0.6450568 -0.5020243
能量就不用管，就只要元素和坐标，最上面的数字是原子数