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hustzju

木虫 (著名写手)

[求助] 有坐标怎么看结构啊?

只有优化后的坐标,supporting information里只给了坐标,
怎么能看到结构?
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Siriusgoul

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hustzju at 2012-07-06 18:56:46
只有坐标如下,该怎么看?
1          6             0        2.208625   -0.236974   -0.051544
2          6             0        1.925269    1.198495   -0.179844
3          6             0        0. ...

嗯,最前面那行就是原子编号,一般要把它换成具体元素符号,改成xyz的最简单,其他还麻烦,比如:
29
Energy = -1126.741833063
C    -5.1211966   -0.1227266   -1.0901835
C    -3.8261712   -0.4316819   -0.6922856
C    -3.4188691   -0.1889590    0.6238658
C    -4.3366821    0.3598495    1.5255061
C    -5.6371449    0.6468566    1.1265669
C    -6.0345835    0.4117603   -0.1857055
S    -1.8082166   -0.6191296    1.2171735
C    -0.6378919    0.0511079   -0.1019492
O    -1.0752776    0.6057652   -1.0902309
C     0.7081936   -0.2109113    0.2823566
C     1.7668326    0.1807583   -0.5094973
C     3.1512450    0.0134278   -0.3016604
C     4.0749579    0.4924392   -1.2762685
C     5.4264693    0.3584002   -1.1408882
C     6.0218800   -0.2862816    0.0152296
C     5.0636145   -0.7663414    1.0010913
C     3.7174538   -0.6214219    0.8439907
O     7.2558905   -0.4207836    0.1588071
H     0.8634739   -0.7272205    1.2211417
H     1.4891470    0.6906485   -1.4292315
H     3.6699133    0.9813263   -2.1586946
H     6.1054478    0.7324780   -1.8992331
H     5.4735770   -1.2516138    1.8802768
H     3.0531440   -0.9992840    1.6144087
H    -5.4198379   -0.3074401   -2.1157092
H    -3.1241554   -0.8484892   -1.3988304
H    -4.0210031    0.5650948    2.5409998
H    -6.3357672    1.0673152    1.8409780
H    -7.0444431    0.6450568   -0.5020243
能量就不用管,就只要元素和坐标,最上面的数字是原子数
7楼2012-07-06 19:08:11
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+2 2012-07-06 17:25:02
用可视化软件,例如gaussview
2楼2012-07-06 16:12:45
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Siriusgoul

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2012-07-06 17:25:34
楼上正解……
看他给的坐标文件是什么格式,如果是.mol  .pdb .gjf .com 什么的GaussView都轻松搞定,还有类似于简单的.xyz格式的话chemcraft,DSviewPro也可应对,后面俩软件也挺好用的,可用于很多格式。
3楼2012-07-06 17:06:45
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hustzju

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gmy1990 at 2012-07-06 16:12:45
用可视化软件,例如gaussview

这个我知道啊,算完后用这个看吗问题的。
但现在是只有坐标数据,没有其他的,该怎么导入?
4楼2012-07-06 18:53:16
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