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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎样分析RNA Seq数据中某个特定基因的表达情况
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zhongtong

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 怎样分析RNA Seq数据中某个特定基因的表达情况 已有3人参与

现有RNA Seq的mRNA的raw counts数据，想要看一下某两个基因（不在diffferential expression genes）里的两个不同处理组的表达情况，请教从哪里下手分析呢？
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1楼 2015-01-20 04:29:06
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擱淺_海豚

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我只做过DNA的。。。不晓得你拿到的Ct value嘛
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搁。浅
4楼2016-04-03 07:38:57
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YongfengWang

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般使用RPKM值来衡量，具体是怎么得到的，我也不会，你可以找测序公司要所有unigene的rpkm值，肯定有的，因为差异基因筛选也是根据rpkm值的变化进行的
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2楼2015-01-20 12:36:01
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31569218

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你把reads mapping到2个基因上，然后计算RPKM，就可以了。。。。。。。。。
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爱之深痛之切
3楼2015-01-21 00:04:20
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