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zhongtong

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 怎样分析RNA Seq数据中某个特定基因的表达情况 已有3人参与

现有RNA Seq的mRNA的raw counts数据,想要看一下某两个基因(不在diffferential expression genes)里的两个不同处理组的表达情况,请教从哪里下手分析呢?
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YongfengWang

铁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
一般使用RPKM值来衡量,具体是怎么得到的,我也不会,你可以找测序公司要所有unigene的rpkm值,肯定有的,因为差异基因筛选也是根据rpkm值的变化进行的
2楼2015-01-20 12:36:01
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31569218

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你把reads mapping到2个基因上,然后计算RPKM,就可以了。。。。。。。。。
爱之深痛之切
3楼2015-01-21 00:04:20
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擱淺_海豚

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我只做过DNA的。。。不晓得你拿到的Ct value嘛
搁。浅
4楼2016-04-03 07:38:57
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