24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2876  |  回复: 10

fengjunchen

铜虫 (小有名气)

[交流] 想学习Amber进行动力学模拟,怎么入门? 已有9人参与

本来应该是求助帖……不混论坛没金币发布出来。
本人刚刚入学,做实验的基本不太会信息学的东西,导师给的方向需要动力学模拟,关注酶活和蛋白的热稳定性。
询问学院里信息学的老师,向我推荐了Amber。稍微搜了搜感觉各种看不明白,主要有一下几个问题:
1、Amber主页上有两个软件,Amber14和AmberTools14,前者收费,后者可以直接下载;那么,可以只使用后者计算吗?Amber14是否必须,因为我知道倒是绝对不会出钱买的……Amber14能否或者怎样申请免费?
2、个人之前没用过linux,Amber是否能在Windows下运行?否则熟悉linux又是个挺麻烦的事儿。当然,从下载的bz2的文件看来好像windows可能性不大唉……
3、看了一些网上的帖子,好像还需要安很多东西,还有设置什么变量……还看到了各种装不上的求助帖。是否真那么费劲?
4、最后嘛,就是厚颜无耻求教程了~~一定要0基础的啊,不然肯定看不懂。

求各位前辈能给些帮助~~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xpyp

木虫 (小有名气)

官网上有教程的。
2楼2014-12-25 13:03:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

死灰

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
amber是商业计算化学软件,学术界使用也是要购买的;amber在Linux平台上运行,而且一般需要计算机集群,即充足的计算资源;建议先花一定时间熟悉Linux shell scripting,对理解amber命令和官网tutoria很有好处,另外就是多啃manual了

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-12-25 21:05:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
amber需要买,教程有案例,跟着做就行,需要有一定的linux基础
4楼2014-12-26 08:10:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
AMBER跑分子动力学模拟那是必须的,AMBER Tools只能承担,分子动力学模拟之前,模拟体系的准备工作。
AMBER不是免费的,实在不行,建议你使用gromacs跑分子动力学模拟。开源免费。
linux也许很难,但在linux上学习跑个软件就没那么难,当然最好找师兄师姐啥的带带你。
我很喜欢计算机辅助药物设计
5楼2014-12-26 09:08:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qiulinqiong

禁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

6楼2014-12-26 19:01:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
7楼2014-12-26 19:31:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengjunchen

铜虫 (小有名气)

感谢大家的回复~~
通过查找一些网上的教程,还有和师兄们的交流。我已经放弃了买不起的Amber而是选择了更简单些也能获得的gromacs进行学习。
祝大家实验顺利!
8楼2015-03-27 13:49:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gezi187

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
百度“amber md " 第一个就是教程
9楼2016-01-21 17:13:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
10楼2016-08-11 22:20:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fengjunchen 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 327求调剂 +4 小卡不卡. 2026-03-29 4/200 2026-03-30 06:15 by wxiongid
[考研] 085600 286分 材料求调剂 +10 麻辣鱿鱼 2026-03-27 11/550 2026-03-29 21:52 by nanaliuyun
[考研] 300求调剂,材料科学英一数二 +10 leaflight 2026-03-24 10/500 2026-03-29 20:58 by goldfish51
[考研] 283求调剂(080500) +7 A child 2026-03-27 7/350 2026-03-29 20:46 by 唐沐儿
[考研] 一志愿郑州大学,080500学硕,总分317分求调剂 +8 举个栗子oi 2026-03-24 9/450 2026-03-29 13:08 by peike
[考研] 352分-085602-一志愿985 +5 海纳百川Ly 2026-03-29 5/250 2026-03-29 09:57 by Sjndkwm
[考研] 调剂求院校招收 +6 鹤鲸鸽 2026-03-28 6/300 2026-03-29 08:15 by fmesaito
[考研] 071000生物学求调剂,初试成绩343 +7 小小甜面团 2026-03-25 7/350 2026-03-28 20:25 by 唐沐儿
[考研] 0703一志愿9,初试成绩:338,四六级已过,有科研经历,求调剂! +4 Zuhui0306 2026-03-25 4/200 2026-03-28 13:07 by 唐沐儿
[考研] 311求调剂 +9 lin0039 2026-03-26 9/450 2026-03-28 13:05 by 唐沐儿
[考研] 286求调剂 +12 PolarBear11 2026-03-26 12/600 2026-03-28 12:14 by zllcz
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 12:04 by 王保杰33
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 0703化学/290求调剂/本科经历丰富/工科也可 +9 丹青奶盖 2026-03-26 10/500 2026-03-28 07:45 by barnett0632
[考研] 求调剂323材料与化工 +7 1124361 2026-03-24 7/350 2026-03-27 10:22 by wangjy2002
[考研] 材料考研求调剂 +3 Dendel 2026-03-23 6/300 2026-03-26 17:51 by fmesaito
[考研] 一志愿哈工大,085400,320,求调剂 +4 gdlf9999 2026-03-24 4/200 2026-03-25 23:01 by boxking200
[考研] 293求调剂 +7 加一一九 2026-03-24 7/350 2026-03-25 12:02 by userper
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +5 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 5/250 2026-03-24 16:52 by 星空星月
信息提示
请填处理意见