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fengjunchen

铜虫 (小有名气)

[交流] 想学习Amber进行动力学模拟,怎么入门? 已有9人参与

本来应该是求助帖……不混论坛没金币发布出来。
本人刚刚入学,做实验的基本不太会信息学的东西,导师给的方向需要动力学模拟,关注酶活和蛋白的热稳定性。
询问学院里信息学的老师,向我推荐了Amber。稍微搜了搜感觉各种看不明白,主要有一下几个问题:
1、Amber主页上有两个软件,Amber14和AmberTools14,前者收费,后者可以直接下载;那么,可以只使用后者计算吗?Amber14是否必须,因为我知道倒是绝对不会出钱买的……Amber14能否或者怎样申请免费?
2、个人之前没用过linux,Amber是否能在Windows下运行?否则熟悉linux又是个挺麻烦的事儿。当然,从下载的bz2的文件看来好像windows可能性不大唉……
3、看了一些网上的帖子,好像还需要安很多东西,还有设置什么变量……还看到了各种装不上的求助帖。是否真那么费劲?
4、最后嘛,就是厚颜无耻求教程了~~一定要0基础的啊,不然肯定看不懂。

求各位前辈能给些帮助~~
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xpyp

木虫 (小有名气)

官网上有教程的。
2楼2014-12-25 13:03:50
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死灰

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
amber是商业计算化学软件,学术界使用也是要购买的;amber在Linux平台上运行,而且一般需要计算机集群,即充足的计算资源;建议先花一定时间熟悉Linux shell scripting,对理解amber命令和官网tutoria很有好处,另外就是多啃manual了

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-12-25 21:05:39
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
amber需要买,教程有案例,跟着做就行,需要有一定的linux基础
4楼2014-12-26 08:10:13
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fanc232

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
AMBER跑分子动力学模拟那是必须的,AMBER Tools只能承担,分子动力学模拟之前,模拟体系的准备工作。
AMBER不是免费的,实在不行,建议你使用gromacs跑分子动力学模拟。开源免费。
linux也许很难,但在linux上学习跑个软件就没那么难,当然最好找师兄师姐啥的带带你。
我很喜欢计算机辅助药物设计
5楼2014-12-26 09:08:22
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qiulinqiong

禁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

6楼2014-12-26 19:01:14
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7楼2014-12-26 19:31:43
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)

感谢大家的回复~~
通过查找一些网上的教程,还有和师兄们的交流。我已经放弃了买不起的Amber而是选择了更简单些也能获得的gromacs进行学习。
祝大家实验顺利!
8楼2015-03-27 13:49:37
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gezi187

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
百度“amber md " 第一个就是教程
9楼2016-01-21 17:13:25
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10楼2016-08-11 22:20:03
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