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kobe6777

新虫 (小有名气)

[求助] CI-NEB过渡态搜索脚本应用及处理问题

我用CI-NEB搜索到过渡态后用nebresults.pl脚本处理数据,生成一些列文件,在neb.dat中的数据都表示什么意思啊?
  0     0.000000     0.000000     0.000000   0
  1     1.360466     0.000674    -0.067762   1
  2     2.719057     2.251713     0.000777   2
  3     3.440332     0.005108     1.945967   3
  4     4.161964    -0.380791     0.019030   4
  5     4.884291    -0.385686     0.000000   5
1、第二例是image间的距离,他这个具体是怎么计算的啊?
2、第三列是能垒,第四列是每个imag收到的力,这个力指的是什么力?怎么判断他们符不符合标准啊?希望能说的具体点!我看他们对应着输出文件里的这个NEB: projections on to tangent (spring, REAL)    -3.186584    0.000777            REAl的这个值
还有在nebef.dat中
   0         0.000000       -38.792300         0.000000
   1         0.009502       -38.791600         0.000700
   2         0.009501       -36.540500         2.251800
   3         0.004749       -38.787100         0.005200
   4         0.007105       -39.173000        -0.380700
   5         0.000000       -39.177900        -0.385600
第四列所表示的受力指的是什么力啊?我在OUTCAR中没有找到相应的数值。。。

怎么判断算的过渡态和其他的点在不在同一个势能曲面上啊?
希望高手能指点指点!
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fxh0402

铁虫 (小有名气)

楼主现在知道每一列是什么意思了吗?
2楼2015-06-27 09:10:17
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kobe6777

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fxh0402 at 2015-06-27 09:10:17
楼主现在知道每一列是什么意思了吗?

不知道
3楼2015-06-27 20:34:54
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冯亚娟

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by kobe6777 at 2015-06-27 20:34:54
不知道...

请问楼主的问题是否解决?现遇到相同的困惑,希望得到指点~
4楼2017-03-17 09:27:02
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get-it

新虫 (小有名气)

NEB的思想是使各个Image能量尽量低,同时又保持连续。所谓连续是指,对于一个Image,它是前后两个Image的线性组合。
用dft可以计算出原子受力情况,沿着受力方向移动可以降低能量。同样的,为了保持连续,NEB虚构了一个弹性力,当Image不是线性组合时,这个力会把Image拉向前后两Image之间。原子受力和弹性力的合力就是NEB的收敛条件。
因为没用过vtst,不清楚楼主文件中的力是不是上述的合力。
个人理解,如有不当请多指教。
5楼2017-03-18 12:58:58
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