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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » NEB计算扩散路径的力收敛精度设置问题
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lsh1986914

新虫 (小有名气)

[交流] NEB计算扩散路径的力收敛精度设置问题

各位大侠们：
        大家好！
         我用NEB的C-NEB计算扩散路径，开始的时候收敛精度较小,EDIFF=1E-4; 而力收敛精度EDIFFFG=-0.5; 然后把扩散路径算出来，显示势垒高度达到了1.3eV，但是我个人觉得这个精度有点低了，因为我的初末态弛豫的时候都是采用EDIFF=1E-6; EDIFFG=-0.01; 。 所以为了提高精度，运行脚本vfin.pl ,把所有的CONTCAR 拷贝为POSCAR，设置EDIFFG=1E-5; EDIFFG=-0.1; 结果跑了几天，离子步已经有了100多步了，可是还是不收敛，然后查看一下扩散路径，发现扩散路径都变了啊，势垒也有60eV了，这是怎么回事啊，是不是有问题呢？要不要kill,重新投任务呢？求高人指点迷津~我这个低精度的可行吗？大家在算的时候，怎么设置这个精度滴？
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1楼 2012-05-22 16:08:54
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
贺仪: 金币+2, 谢谢指教！ 2012-05-31 08:34:33
力的精度应该要-0.01.至少也要-0.02。EDIFF=1E-5就可以。
-0.5绝对是不行的。势垒会改变很大。

至于扩散路径变了，有很多原因。需要具体分析。可以把POTIM减小，例如POTIM=0.01，或者0.05. 到力较小的时候，再改回0.1。

肯定要kill了。

提交之前，应用可视化软件检查一下路径是否合理。而且路径不能太过复杂。如果太过复杂的话，或许还要你自己去调整一下中间镜像的结构，让初始路径合理一点。

复杂的路径，采用默认的优化算法会比较稳定。

只要最简单的路径，用CI-NEB的其他优化算法才会速度更快。例如空位扩散，这个就可以用CI-NEB的其他优化算法来算。
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10楼2012-05-30 23:14:21
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
贺仪: 金币+1, 谢谢指教！ 2012-05-31 08:34:43
引用回帖:
7楼: Originally posted by lsh1986914 at 2012-05-23 20:12:47
NSW=600
IBRION=3 ; POTIM=0 ; IOPT=3;
ISIF=4
EDIFFG=-0.1  ; LMAXMIX=4; IALGO=38

IMAGES=4; SPRING=-5; ICHAIN=0; LCLIMB=.T.; LTANGENTOLD=.F.; LDNEB=.F.
NEBCELL=.T.
这个是我的INCAR中关于NEB计算 ...

EDIFF  = 1E-5
   EDIFFG = -0.01
  LCLIMB=.TRUE.
   IBRION = 3
   POTIM  = 0.1    time-step for ion-motion
   ISIF=2
   IMAGES=4
不要改变cell的形状，改变cell形状的neb，理论上就有问题。正式版的CI-NEB中没有这部分的。
除非路径简单，否则默认的优化算法最稳定和快速。
避免使用IOPT=3;
删去“ SPRING=-5; ICHAIN=0; LCLIMB=.T.; LTANGENTOLD=.F.; LDNEB=.F .NEBCELL=.T.”
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11楼2012-05-30 23:21:04
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gfei2008

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
lsh1986914: 金币+2 2012-05-23 09:52:41
个人觉得在你第一次计算的精度就可以了。后面增加后最多相差0.1ev左右（可能，不确定）。要是就是用来看migration energy的话就够精度了。
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2楼2012-05-22 22:42:08
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lsh1986914

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gfei2008 at 2012-05-22 22:42:08:
个人觉得在你第一次计算的精度就可以了。后面增加后最多相差0.1ev左右（可能，不确定）。要是就是用来看migration energy的话就够精度了。

嗯，谢谢，我个人也觉得应该可以了，本身这个方法就不是很精确，以前算过，如果精度取得越高，势垒也就越低，但是相差并不是很大~
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3楼2012-05-23 09:52:13
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qfwuli

金虫 (正式写手)
★
lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
最好能把初末态精度和C-NEB
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4楼2012-05-23 10:33:00
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qfwuli

金虫 (正式写手)
★ ★
franch: 金币+2, 鼓励交流，， 呵呵 2012-05-23 13:23:30
最好能把初末态精度和NEB中的精度设为一致，这样最终处理数据时加上初末态数值的图形会比较一致。
（刚才没有写完就误发送了，嘻嘻，无需给金币了）
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5楼2012-05-23 10:34:55
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happyweb

禁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-05-23 19:43:56
本帖内容被屏蔽
6楼2012-05-23 17:36:20
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lsh1986914

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by happyweb at 2012-05-23 17:36:20:
60eV跑远了吧,改一下优化算法吧,IOPT=3感觉比较正常,另外精度0.1就够了,反正还要算频率来检验

NSW=600
IBRION=3 ; POTIM=0 ; IOPT=3;
ISIF=4
EDIFFG=-0.1  ; LMAXMIX=4; IALGO=38

IMAGES=4; SPRING=-5; ICHAIN=0; LCLIMB=.T.; LTANGENTOLD=.F.; LDNEB=.F.
NEBCELL=.T.
这个是我的INCAR中关于NEB计算的相关参数，这个NEB网页上推荐的比较容易收敛的方法，请帮我看看，我的参数设置对不？尤其是那几个没有打开的参数，现在都还不知道什么意思。另外我做的是表面物理吸附，杂质在不同位置吸附时vasp弛豫都稳定，只是想看看这两个态之间的势垒高度是多少？
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7楼2012-05-23 20:12:47
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lsh1986914

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by qfwuli at 2012-05-23 10:34:55:
最好能把初末态精度和NEB中的精度设为一致，这样最终处理数据时加上初末态数值的图形会比较一致。
（刚才没有写完就误发送了，嘻嘻，无需给金币了）

那就是不收敛怎么办？
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8楼2012-05-23 20:15:25
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suntag

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你为什么要改变cellshape（ISIF=4）？这样收敛很慢的的，收敛标准的EDIFFG=-0.5或者-0.1实在有点宽。。。
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9楼2012-05-27 04:51:34
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lsh1986914

新虫 (小有名气)
但是，我的初始态和末态的晶格常数都变了，NEBCELL=.T.不打开，不是就是错的吗？ 我的计算就还是要看这种模型的结构，我做的是物理吸附，路径不是很复杂，这样不可以吗？
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12楼2012-06-01 15:00:31
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lsh1986914

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by suntag at 2012-05-27 04:51:34
你为什么要改变cellshape（ISIF=4）？这样收敛很慢的的，收敛标准的EDIFFG=-0.5或者-0.1实在有点宽。。。

我还要计算这种模型的结构，其中就是要看他稳定后的晶格常数，所以我的初始和末态优化的时候，都改变了它的晶格，我想这里肯定也要设置晶格可变的，不是这样吗？
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13楼2012-06-01 15:04:29
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lsh1986914

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by huangguiyang at 2012-05-30 23:14:21
力的精度应该要-0.01.至少也要-0.02。EDIFF=1E-5就可以。
-0.5绝对是不行的。势垒会改变很大。

至于扩散路径变了，有很多原因。需要具体分析。可以把POTIM减小，例如POTIM=0.01，或者0.05. 到力较小的时候，再改 ...

哦，谢谢了，我改变一下，参数设置。还有一些虫友说NEBCELL=.F. 只能这样设置，不支持.T.，是这样吗？由于我的初末态在做优化的时候，都放开了晶格长ISIF=4； 然后按照我的理解，把NEB计算的时候，应该也要放开晶格，对吧。由于初末态的优化都放开晶格常数，导致了初末态的晶格常数不一致，然后运行nebmake.pl 脚本的时候，出现如下的警告：（是不是真的如有些人说的那样，不支持NEBCELL=.T.）
$ /home/myl/vasp/vtstscripts/nebmake.pl POSCAR1 POSCAR2 4
WARNING: BASIS VECTORS ARE NOT THE SAME
BASIS ELEMENT 0 0 ...
... IS IN FILE 1:  8.89385080815016
... IS IN FILE 2:  8.7371463018205
I HOPE YOU KNOW WHAT YOU ARE DOING

OK, ALL SETUP HERE
FOR LATER ANALYSIS, PUT OUTCARs IN FOLDERS 00 and 05 !!!
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14楼2012-06-01 15:15:55
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by lsh1986914 at 2012-06-01 15:15:55
哦，谢谢了，我改变一下，参数设置。还有一些虫友说NEBCELL=.F. 只能这样设置，不支持.T.，是这样吗？由于我的初末态在做优化的时候，都放开了晶格长ISIF=4； 然后按照我的理解，把NEB计算的时候，应该也要放开晶格 ...

不要放开，保持一致才行。
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15楼2012-06-01 22:25:52
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浪心99

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，我在运行脚本vfin.pl的时候，会出现Error: No [Output Directory] given.
请问是怎么回事啊？
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16楼2016-07-05 11:05:20
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抖抖豆豆

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★
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引用回帖:
16楼: Originally posted by 浪心99 at 2016-07-05 11:05:20
你好，我在运行脚本vfin.pl的时候，会出现Error: No  given.
请问是怎么回事啊？

你使用这个命令,在后面要给它一个输出路径的
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17楼2016-07-06 20:25:16
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