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cenwanglai

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老和山猥琐派九段

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[交流] 分子动力学轨迹文件一般多大？已有6人参与

跑分子动力学要跑动平衡，一直跑很多步来做统计。条查一下，各位做分子动力学的，包括经典和第一性原理的，有意义的结果的单个轨迹文件一般多大？

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1楼2014-11-26 00:19:12

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老虎大王

木虫 (著名写手)

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这个要看你的系统大小，有多少原子，存了多少步。

一般我们把轨迹存成文本文件，最起码要保存三个位置坐标，这三个坐标一般都是浮点数，看你取多少位小数输出，一般的程序默认的话都是输出6到10位小数吧,也有更多，给你精确到十好几位的也有。就取比较节约的，咱们就算保留五、六位小数，加上小数点，小数点前的数（先算两位吧，看边长大小），正负号，数字间的空格，一个数算10个字符吧，就是10个字节。三个数就是30个字节。其它一般你起码还要存原子的id吧，还有它的类型吧。这又加了几个字节。这都不算了，就算一个原子用30个字节吧，这应该是下限了，不能再少了。

假如你有1000个原子，这在目前已经是很小的系统了。那么存一步，文件起码3万字节，也就是30k。你存1000步的话，就是30m。以此类推。这是最少的情况。实际输出一般都会比这大，而且你用通用软件的话，还会给你输出很多附加的信息。建议你乘1.5或者乘2来估计。如果你文件里还要同时存别的信息比如速度，力，msd什么的，那你还要再加。

如果你存成二进制文本，那你每个原子存多少信息，存的是整型还是浮点型，双精度还是单精度，系统是32位还是64位，你也可以估算需要多少空间，跟文本文件差不太多，一个数量级。如果有办法进一步压缩，那再另算。

我们做的工作，存一个文件小的几十m，大的非常大。有的一步就几百m，甚至好多g，只好每一步存成一个文件。