应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子动力学轨迹文件一般多大？
223/3返回列表上一页123
查看: 5473  |  回复: 21
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

老虎大王

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个要看你的系统大小，有多少原子，存了多少步。

一般我们把轨迹存成文本文件，最起码要保存三个位置坐标，这三个坐标一般都是浮点数，看你取多少位小数输出，一般的程序默认的话都是输出6到10位小数吧,也有更多，给你精确到十好几位的也有。就取比较节约的，咱们就算保留五、六位小数，加上小数点，小数点前的数（先算两位吧，看边长大小），正负号，数字间的空格，一个数算10个字符吧，就是10个字节。三个数就是30个字节。其它一般你起码还要存原子的id吧，还有它的类型吧。这又加了几个字节。这都不算了，就算一个原子用30个字节吧，这应该是下限了，不能再少了。

假如你有1000个原子，这在目前已经是很小的系统了。那么存一步，文件起码3万字节，也就是30k。你存1000步的话，就是30m。以此类推。这是最少的情况。实际输出一般都会比这大，而且你用通用软件的话，还会给你输出很多附加的信息。建议你乘1.5或者乘2来估计。如果你文件里还要同时存别的信息比如速度，力，msd什么的，那你还要再加。

如果你存成二进制文本，那你每个原子存多少信息，存的是整型还是浮点型，双精度还是单精度，系统是32位还是64位，你也可以估算需要多少空间，跟文本文件差不太多，一个数量级。如果有办法进一步压缩，那再另算。

我们做的工作，存一个文件小的几十m，大的非常大。有的一步就几百m，甚至好多g，只好每一步存成一个文件。
赞一下(1人) 回复此楼
21楼2020-08-01 13:12:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

@hubao

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个问题毫无意义

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
22楼2021-10-06 23:43:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cenwanglai 的主题更新
223/3返回列表上一页123
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-11 22:34 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-11 22:29 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 3/150 2026-11-11 22:09 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 3/150 2026-11-11 22:09 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 4/200 2026-11-11 22:07 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 5/250 2026-11-11 21:25 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 20:41 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 9/450 2026-11-11 20:38 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 5/250 2026-11-11 18:48 by TgvkbZZl9tqB
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 4/200 2026-11-11 18:37 by TgvkbZZl9tqB
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 3/150 2026-11-11 18:31 by TgvkbZZl9tqB
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 3/150 2026-11-11 18:26 by TgvkbZZl9tqB
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 4/200 2026-11-11 17:36 by TgvkbZZl9tqB
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-11 17:31 by TgvkbZZl9tqB
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 7/350 2026-11-11 16:41 by TgvkbZZl9tqB
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 7/350 2026-11-11 13:31 by cdqGD6ftHmbl
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 10:32 by 1Nb0IVlmV6v0
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 07:06 by Z7qfCsdIiD1T
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭