应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子动力学轨迹文件一般多大？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
53/1返回列表
查看: 4827  |  回复: 21
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cenwanglai

新虫

老和山猥琐派九段

[交流] 分子动力学轨迹文件一般多大？ 已有6人参与

跑分子动力学要跑动平衡，一直跑很多步来做统计。条查一下，各位做分子动力学的，包括经典和第一性原理的，有意义的结果的单个轨迹文件一般多大？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2014-11-26 00:19:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个要看你的系统大小，有多少原子，存了多少步。

一般我们把轨迹存成文本文件，最起码要保存三个位置坐标，这三个坐标一般都是浮点数，看你取多少位小数输出，一般的程序默认的话都是输出6到10位小数吧,也有更多，给你精确到十好几位的也有。就取比较节约的，咱们就算保留五、六位小数，加上小数点，小数点前的数（先算两位吧，看边长大小），正负号，数字间的空格，一个数算10个字符吧，就是10个字节。三个数就是30个字节。其它一般你起码还要存原子的id吧，还有它的类型吧。这又加了几个字节。这都不算了，就算一个原子用30个字节吧，这应该是下限了，不能再少了。

假如你有1000个原子，这在目前已经是很小的系统了。那么存一步，文件起码3万字节，也就是30k。你存1000步的话，就是30m。以此类推。这是最少的情况。实际输出一般都会比这大，而且你用通用软件的话，还会给你输出很多附加的信息。建议你乘1.5或者乘2来估计。如果你文件里还要同时存别的信息比如速度，力，msd什么的，那你还要再加。

如果你存成二进制文本，那你每个原子存多少信息，存的是整型还是浮点型，双精度还是单精度，系统是32位还是64位，你也可以估算需要多少空间，跟文本文件差不太多，一个数量级。如果有办法进一步压缩，那再另算。

我们做的工作，存一个文件小的几十m，大的非常大。有的一步就几百m，甚至好多g，只好每一步存成一个文件。
赞一下(1人) 回复此楼
21楼2020-08-01 13:12:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 22 个回答

阿Q~~

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+3 2014-11-26 08:33:37
已投~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
赞一下 回复此楼
自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
3楼2014-11-26 06:38:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

foolmonkey

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+3 2014-11-26 08:33:42
good luck!
blessing~~
赞一下 回复此楼
4楼2014-11-26 07:16:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+3 2014-11-26 08:33:57
关键是统计稳定步之后的轨迹才有意义，稳定前面的是没有意义的，不用统计。至于轨迹文件的大小依赖于你模拟的具体体系的大小，和输出数据多少，用数据文件的大小来衡量，嘿嘿，不好说。
赞一下 回复此楼
7楼2014-11-26 08:26:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 22 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +7 BrightLL 2026-03-29 7/350 2026-03-31 22:05 by 544594351
[考研] 080200学硕，机械工程专业277分，求带走！ +4 瓶子PZ 2026-03-31 4/200 2026-03-31 20:16 by vgtyfty
[考研] 085601英二数二求调剂 总分325 +4 余航航 2026-03-31 4/200 2026-03-31 17:38 by 唐沐儿
[考研] 315求调剂 +6 akie... 2026-03-28 7/350 2026-03-31 16:48 by asdfzly
[考研] 263求调剂 +3 DDDDuu 2026-03-27 3/150 2026-03-31 16:21 by 土木硕士招生
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +4 Yam. 2026-03-30 5/250 2026-03-31 14:41 by 王亮_大连医科大
[考研] 286求调剂 +6 Faune 2026-03-30 6/300 2026-03-31 14:37 by jp9609
[考研] 调剂求院校招收 +7 鹤鲸鸽 2026-03-28 7/350 2026-03-31 11:21 by oooqiao
[考研] 一志愿大连理工大学，机械工程学硕，341 +3 西瓜田的守望者 2026-03-30 3/150 2026-03-31 11:08 by asdfzly
[考研] 吉大生物学326分求调剂 +3 sunnyupup 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:28 by longlotian
[考研] 食品工程专硕一志愿中海洋309求调剂 +5 小张zxy张 2026-03-26 10/500 2026-03-31 00:29 by jp9609
[考研] 调剂 +4 GK72 2026-03-30 4/200 2026-03-30 20:32 by dick_runner
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +10 1428151015 2026-03-27 10/500 2026-03-30 19:00 by 源_2020
[考研] 环境科学与工程334分求调剂 +6 王一一依依 2026-03-30 8/400 2026-03-30 11:52 by yjolah
[考研] 332求调剂 +6 Lyy930824@ 2026-03-29 6/300 2026-03-30 10:53 by 1172367218
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-28 6/300 2026-03-30 10:29 by Evan_Liu
[考研] 本科双非材料，跨考一志愿华电085801电气，283求调剂，任何专业都可以 +6 芝士雪baoo 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:16 by 松花缸1201
[考研] 一志愿厦门大学化学学硕307求调剂 +10 y7czhao 2026-03-26 10/500 2026-03-28 14:23 by 唐沐儿
[考研] 340求调剂 +5 jhx777 2026-03-27 5/250 2026-03-28 04:18 by fmesaito
[考研] 材料专硕 335 分求调剂 +4 拒绝冷暴力 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:45 by haxia
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭