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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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cenwanglai

新虫

老和山猥琐派九段

[交流] 分子动力学轨迹文件一般多大? 已有6人参与

跑分子动力学要跑动平衡,一直跑很多步来做统计。条查一下,各位做分子动力学的,包括经典和第一性原理的,有意义的结果的单个轨迹文件一般多大?
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老虎大王

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这个要看你的系统大小,有多少原子,存了多少步。

一般我们把轨迹存成文本文件,最起码要保存三个位置坐标,这三个坐标一般都是浮点数,看你取多少位小数输出,一般的程序默认的话都是输出6到10位小数吧,也有更多,给你精确到十好几位的也有。就取比较节约的,咱们就算保留五、六位小数,加上小数点,小数点前的数(先算两位吧,看边长大小),正负号,数字间的空格,一个数算10个字符吧,就是10个字节。三个数就是30个字节。其它一般你起码还要存原子的id吧,还有它的类型吧。这又加了几个字节。这都不算了,就算一个原子用30个字节吧,这应该是下限了,不能再少了。

假如你有1000个原子,这在目前已经是很小的系统了。那么存一步,文件起码3万字节,也就是30k。你存1000步的话,就是30m。以此类推。这是最少的情况。实际输出一般都会比这大,而且你用通用软件的话,还会给你输出很多附加的信息。建议你乘1.5或者乘2来估计。如果你文件里还要同时存别的信息比如速度,力,msd什么的,那你还要再加。

如果你存成二进制文本,那你每个原子存多少信息,存的是整型还是浮点型,双精度还是单精度,系统是32位还是64位,你也可以估算需要多少空间,跟文本文件差不太多,一个数量级。如果有办法进一步压缩,那再另算。

我们做的工作,存一个文件小的几十m,大的非常大。有的一步就几百m,甚至好多g,只好每一步存成一个文件。
21楼2020-08-01 13:12:33
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阿Q~~

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cenwanglai: 金币+3 2014-11-26 08:33:37
已投~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
自强不息,厚德载物;独立精神,自由思想。
3楼2014-11-26 06:38:43
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foolmonkey

兑换贵宾

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cenwanglai: 金币+3 2014-11-26 08:33:42
good luck!
blessing~~
4楼2014-11-26 07:16:18
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chuntao118

超级版主

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cenwanglai: 金币+3 2014-11-26 08:33:57
关键是统计稳定步之后的轨迹才有意义,稳定前面的是没有意义的,不用统计。至于轨迹文件的大小依赖于你模拟的具体体系的大小,和输出数据多少,用数据文件的大小来衡量,嘿嘿,不好说。
7楼2014-11-26 08:26:51
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