24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1885  |  回复: 3

xmgign

银虫 (小有名气)

[交流] 轨迹文件mdcrd过大,VMD总是出错,有什么解决办法? 已有3人参与

用AMBER做了20NS的MD, 结果得到的mdcrd文件有6G~~~!VMD貌似运行大文件能力一般,总是在观察到大概一半的时候,出现 应用程序错误。。。
请问该如何解决??就想算个RMSD之类的。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-19 09:57:06
AMBER本身不知道有没有可将轨迹分段的小程序,比如NAMD的catdcd
2楼2011-05-18 19:35:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fantastic

银虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-21 17:07:55
你可以使用ptraj计算RMSD,当然也可以先用ptraj把水和平衡离子去除,再保存轨迹,这样就小很多了,就可以在vmd中打开了
3楼2011-05-21 11:46:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-05-23 22:40:07
(1)可以试试将stride设为10或者更大,如果这样不影响结果的话。
(2)可以试试分段导入,比如1--5ns,5--10ns...只是注意如果使用vmd自带的rmsd分析tcl的话,要每一段的标准应该一样。
没有雨伞的孩子只能奔跑!
4楼2011-05-23 12:20:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xmgign 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工专硕306分找合适调剂 +6 沧海轻舟e 2026-04-06 6/300 2026-04-06 10:02 by lqwchd
[考研] 372分,材料与化工,一志愿湖南大学,求调剂 +3 蓝笺片 2026-04-01 3/150 2026-04-06 09:04 by 无际的草原
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +11 梁富贵险中求 2026-04-04 13/650 2026-04-06 07:24 by houyaoxu
[考研] 考研调剂 +5 美丽的youth_ 2026-04-04 6/300 2026-04-06 06:57 by houyaoxu
[考研] 322求调剂 +3 嗯哼哼恒 2026-04-05 3/150 2026-04-05 19:52 by nepu_uu
[考研] 329求调剂 +17 miaodesi 2026-04-02 20/1000 2026-04-05 18:33 by 蓝云思雨
[考研] 282求调剂 +3 aaa车辆 2026-04-01 3/150 2026-04-05 17:03 by yulian1987
[考研] 304求调剂(085602,过四级,一志愿985) +15 化工人999 2026-04-04 15/750 2026-04-05 16:25 by 我是电风扇r
[考研] 298求调剂 +7 manman511 2026-04-05 7/350 2026-04-05 10:29 by 唐沐儿
[考研] 11408,335分,本科211,求调剂,可转专业 +5 鳄梨大鳄鱼 2026-04-03 5/250 2026-04-04 22:49 by chongya
[考研] 368求调剂 +5 今华习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 18:47 by imissbao
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
[考研] 材料专业383求调剂 +8 郭阳阳阳成 2026-04-03 8/400 2026-04-04 10:29 by Rednal.
[考研] 英一数一408,总分284,二战真诚求调剂 +13 12.27 2026-03-30 15/750 2026-04-03 14:41 by 氮气气气
[考研] 材料考研调剂 +10 Gs大王 2026-04-02 10/500 2026-04-03 09:47 by 遗忘消失的灆
[考研] 372分材料与化工(085600)一志愿湖南大学求调剂 +5 蓝笺片 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:37 by dongzh2009
[考研] 311求调剂 +14 蓝月亮亮 2026-03-30 14/700 2026-04-02 12:18 by 1753564080
[考研] 085900土木水利336分求调剂 +4 Zhangjiangj 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:40 by 1753564080
[考研] 材料专硕322分 +11 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 11/550 2026-04-02 10:52 by lnilvy
[考研] 【求调剂】新能源材料本科,一志愿211,初试321 +6 求调剂学校, 2026-04-02 6/300 2026-04-02 09:41 by 晴空210210
信息提示
请填处理意见