24小时热门版块排行榜    

查看: 1849  |  回复: 3

xmgign

银虫 (小有名气)

[交流] 轨迹文件mdcrd过大,VMD总是出错,有什么解决办法? 已有3人参与

用AMBER做了20NS的MD, 结果得到的mdcrd文件有6G~~~!VMD貌似运行大文件能力一般,总是在观察到大概一半的时候,出现 应用程序错误。。。
请问该如何解决??就想算个RMSD之类的。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-19 09:57:06
AMBER本身不知道有没有可将轨迹分段的小程序,比如NAMD的catdcd
2楼2011-05-18 19:35:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fantastic

银虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-21 17:07:55
你可以使用ptraj计算RMSD,当然也可以先用ptraj把水和平衡离子去除,再保存轨迹,这样就小很多了,就可以在vmd中打开了
3楼2011-05-21 11:46:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-05-23 22:40:07
(1)可以试试将stride设为10或者更大,如果这样不影响结果的话。
(2)可以试试分段导入,比如1--5ns,5--10ns...只是注意如果使用vmd自带的rmsd分析tcl的话,要每一段的标准应该一样。
没有雨伞的孩子只能奔跑!
4楼2011-05-23 12:20:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xmgign 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +8 不知道叫什么! 2026-03-15 9/450 2026-03-16 07:45 by L135790
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考博] 欢迎申博同学联系 +3 天道酬勤2026686 2026-03-10 7/350 2026-03-15 19:03 by 天道酬勤2026686
[考研] 0703化学调剂 ,六级已过,有科研经历 +4 曦熙兮 2026-03-15 4/200 2026-03-15 18:01 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-15 3/150 2026-03-15 09:12 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化,一志愿:哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-09 6/300 2026-03-14 02:14 by JourneyLucky
[考研] 318求调剂 +3 李新光 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:21 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +8 zchqwer 2026-03-10 8/400 2026-03-14 00:01 by JourneyLucky
[考研] 0703,333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 四川大学085601材料工程专硕 初试294求调剂 +4 祝我们好在冬天 2026-03-11 4/200 2026-03-13 21:39 by peike
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
[考研] 0703化学求调剂 +7 绿豆芹菜汤 2026-03-12 7/350 2026-03-13 17:25 by njzyff
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 资源与环境 285 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:31 by houyaoxu
[考研] 研究生招生 +3 徐海涛11 2026-03-10 7/350 2026-03-12 14:26 by 徐海涛11
[考研] 0703化学调剂 +3 三dd. 2026-03-10 3/150 2026-03-10 15:45 by peike
信息提示
请填处理意见