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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 轨迹文件mdcrd过大，VMD总是出错，有什么解决办法？
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xmgign

银虫 (小有名气)

[交流] 轨迹文件mdcrd过大，VMD总是出错，有什么解决办法？已有3人参与

用AMBER做了20NS的MD, 结果得到的mdcrd文件有6G~~~！VMD貌似运行大文件能力一般，总是在观察到大概一半的时候，出现 应用程序错误。。。
请问该如何解决？？就想算个RMSD之类的。
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1楼2011-05-18 17:41:12
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
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御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-19 09:57:06
AMBER本身不知道有没有可将轨迹分段的小程序，比如NAMD的catdcd
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2楼2011-05-18 19:35:05
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fantastic

银虫 (著名写手)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-21 17:07:55
你可以使用ptraj计算RMSD，当然也可以先用ptraj把水和平衡离子去除，再保存轨迹，这样就小很多了，就可以在vmd中打开了
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-05-21 11:46:36
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-05-23 22:40:07
（1）可以试试将stride设为10或者更大，如果这样不影响结果的话。
（2）可以试试分段导入，比如1--5ns，5--10ns...只是注意如果使用vmd自带的rmsd分析tcl的话，要每一段的标准应该一样。
赞一下(2人) 回复此楼
没有雨伞的孩子只能奔跑！
4楼2011-05-23 12:20:49
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