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xmgign

银虫 (小有名气)

[交流] 轨迹文件mdcrd过大,VMD总是出错,有什么解决办法? 已有3人参与

用AMBER做了20NS的MD, 结果得到的mdcrd文件有6G~~~!VMD貌似运行大文件能力一般,总是在观察到大概一半的时候,出现 应用程序错误。。。
请问该如何解决??就想算个RMSD之类的。
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-19 09:57:06
AMBER本身不知道有没有可将轨迹分段的小程序,比如NAMD的catdcd
2楼2011-05-18 19:35:05
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fantastic

银虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-21 17:07:55
你可以使用ptraj计算RMSD,当然也可以先用ptraj把水和平衡离子去除,再保存轨迹,这样就小很多了,就可以在vmd中打开了
3楼2011-05-21 11:46:36
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-05-23 22:40:07
(1)可以试试将stride设为10或者更大,如果这样不影响结果的话。
(2)可以试试分段导入,比如1--5ns,5--10ns...只是注意如果使用vmd自带的rmsd分析tcl的话,要每一段的标准应该一样。
没有雨伞的孩子只能奔跑!
4楼2011-05-23 12:20:49
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