24小时热门版块排行榜    

查看: 4233  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

tone鹅

新虫 (初入文坛)

[求助] 用autodock做蛋白质和多肽的对接里 已有2人参与

对接时生成pdbqt用的多肽是用处理蛋白质的方式使配体多肽生成pdbqt.在进行Prompt> ~/EpigeneticSchool/Programs/vina –receptor lock.pdbqt -- ligand 4jsr.key.pdbqt --config config --out
redocking.pdbqt时系统出错。提示Parse error on line 1 in file "3l2j.key.pdbqt": Unknown or inappropriate tag
请问做蛋白和多肽对接需要改什么参数可以做呢。求助
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tone鹅: 金币+2, 有帮助, 没涉及到肽段柔性,生成pdbqt我是用蛋白的程序来处理多肽的 2014-11-04 15:36:24
应该是肽段的柔性设置的问题
3楼2014-10-31 14:31:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tone鹅: 金币+3, 有帮助, 本身蛋白和配体都是用pymol存储的。我再试试谢谢 2014-11-04 15:34:38
你的问题是可能你的蛋白pdb处理的时候格式不对,建议用pymol等软件打开pdb后重新保存为pdb格式,再用AD做!
http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
2楼2014-10-30 22:58:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +8 tcxiaoxx 2026-03-20 9/450 2026-03-23 12:16 by tcxiaoxx
[考研] 333求调剂 +6 87639 2026-03-21 10/500 2026-03-23 10:41 by Iveryant
[考研] 石河子大学(211、双一流)硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
[考研] 考研调剂 +4 来好运来来来 2026-03-21 4/200 2026-03-22 12:15 by 星空星月
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 311求调剂 +3 勇敢的小吴 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:40 by ColorlessPI
[考研] 307求调剂 +3 余意卿 2026-03-18 3/150 2026-03-21 17:31 by ColorlessPI
[考研] 299求调剂 +5 shxchem 2026-03-20 7/350 2026-03-21 17:09 by ColorlessPI
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-03-19 11/550 2026-03-20 21:30 by laoshidan
[考研] 295材料求调剂,一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[考研] 材料学求调剂 +4 Stella_Yao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 20:28 by ms629
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
信息提示
请填处理意见