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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 用autodock做蛋白质和多肽的对接里
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tone鹅

新虫 (初入文坛)

[求助] 用autodock做蛋白质和多肽的对接里 已有2人参与

对接时生成pdbqt用的多肽是用处理蛋白质的方式使配体多肽生成pdbqt.在进行Prompt> ~/EpigeneticSchool/Programs/vina –receptor lock.pdbqt -- ligand 4jsr.key.pdbqt --config config --out
redocking.pdbqt时系统出错。提示Parse error on line 1 in file "3l2j.key.pdbqt": Unknown or inappropriate tag
请问做蛋白和多肽对接需要改什么参数可以做呢。求助
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1楼 2014-10-29 20:29:29
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分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tone鹅: 金币+3, ★有帮助, 本身蛋白和配体都是用pymol存储的。我再试试谢谢 2014-11-04 15:34:38
你的问题是可能你的蛋白pdb处理的时候格式不对，建议用pymol等软件打开pdb后重新保存为pdb格式，再用AD做!
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http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
2楼2014-10-30 22:58:44
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tone鹅: 金币+2, ★有帮助, 没涉及到肽段柔性，生成pdbqt我是用蛋白的程序来处理多肽的 2014-11-04 15:36:24
应该是肽段的柔性设置的问题
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-31 14:31:24
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