24小时热门版块排行榜    

查看: 4184  |  回复: 2

tone鹅

新虫 (初入文坛)

[求助] 用autodock做蛋白质和多肽的对接里 已有2人参与

对接时生成pdbqt用的多肽是用处理蛋白质的方式使配体多肽生成pdbqt.在进行Prompt> ~/EpigeneticSchool/Programs/vina –receptor lock.pdbqt -- ligand 4jsr.key.pdbqt --config config --out
redocking.pdbqt时系统出错。提示Parse error on line 1 in file "3l2j.key.pdbqt": Unknown or inappropriate tag
请问做蛋白和多肽对接需要改什么参数可以做呢。求助
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tone鹅: 金币+3, 有帮助, 本身蛋白和配体都是用pymol存储的。我再试试谢谢 2014-11-04 15:34:38
你的问题是可能你的蛋白pdb处理的时候格式不对,建议用pymol等软件打开pdb后重新保存为pdb格式,再用AD做!
http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
2楼2014-10-30 22:58:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tone鹅: 金币+2, 有帮助, 没涉及到肽段柔性,生成pdbqt我是用蛋白的程序来处理多肽的 2014-11-04 15:36:24
应该是肽段的柔性设置的问题
3楼2014-10-31 14:31:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tone鹅 的主题更新
信息提示
请填处理意见