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小鑫166

金虫 (小有名气)

[求助] 新手,求同源建模详细操作步骤,谢谢 已有4人参与

要做一个三聚体的蛋白,在pdb下到了单个的结构,利用 DS 3.0 如何建模?以及建模后如何检测所建模型的合理性?谢谢大家
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小鑫166: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-01-04 13:51:01
SWISS-MODEL简单,可以直接提交序列,然后获得pdb
2楼2014-10-28 22:16:09
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吴丰旭

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小鑫166: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-01-04 13:50:52
本人也是新学  这个教程里讲的就是同源模建  比较详细   我是按着这个一步步做的 可以做成  你可以试试!

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  • 附件 1 : Discovery_Studio_2.5操作教程.pdf
  • 2014-10-31 11:31:50, 4.35 M
3楼2014-10-31 11:31:58
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小鑫166: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-01-04 13:50:42
大家回复的好像都是单个蛋白分子Homology建模,你这种情况应该算是蛋白聚集预测吧,如附图所示,里面有相应的打分,不知道3.0有没有,这个是DS4.0截的图
新手,求同源建模详细操作步骤,谢谢
AggregationPredict.png

宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
4楼2014-11-19 12:34:53
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小鑫166: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-01-04 13:50:29
Easymodeller也可以
5楼2014-11-24 09:29:53
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