应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » discover之后如何提取轨迹坐标？
81/1返回列表
查看: 1140  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mxbn55

金虫 (小有名气)

[求助] discover之后如何提取轨迹坐标？ 已有1人参与

水分子discover运行之后，如何提取每个原子在每一帧的坐标？急急急，求解答
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-10-09 09:01:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mxbn55: 金币+20 2014-11-21 14:18:03
轨迹坐标还是原子的坐标，不知道提取原子的坐标是做什么用的，是否可以用分子的坐标来间接表示。
赞一下 回复此楼
逆风奔跑。
2楼2014-10-09 11:31:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-09 11:31:07
轨迹坐标还是原子的坐标，不知道提取原子的坐标是做什么用的，是否可以用分子的坐标来间接表示。

原子坐标，不过分子坐标又该怎么表示？谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-10 08:17:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by mxbn55 at 2014-10-10 08:17:29
原子坐标，不过分子坐标又该怎么表示？谢谢...

原子坐标和分子电荷中心、几何中心在Properties里面就有显示，不过所有的坐标统计就不晓得在哪弄了，用这些坐标干什么是最关键的，几个还可以一个个统计，如果很多的话就用分布统计就行了，应该没必要统计每个原子的坐标。
赞一下 回复此楼
逆风奔跑。
4楼2014-10-10 09:11:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-10 09:11:37
原子坐标和分子电荷中心、几何中心在Properties里面就有显示，不过所有的坐标统计就不晓得在哪弄了，用这些坐标干什么是最关键的，几个还可以一个个统计，如果很多的话就用分布统计就行了，应该没必要统计每个原子 ...

我要这些坐标主要是为了检测周期性边界的真正含义。将这些分子的坐标找到，利用matlab计算轨迹，运用扩散系数的公式验证和MS软件算出来的扩散系数对比，来检测分子跑出盒子与周期性边界的关系。
赞一下 回复此楼
5楼2014-10-20 13:11:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

夏陌86℃

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-10 09:11:37
原子坐标和分子电荷中心、几何中心在Properties里面就有显示，不过所有的坐标统计就不晓得在哪弄了，用这些坐标干什么是最关键的，几个还可以一个个统计，如果很多的话就用分布统计就行了，应该没必要统计每个原子 ...

请教您一个问题：
我做的是有机分子在金属表面的吸附，用discover--minimize后进行dynamic总是会失败，结果中会出现：
Error: Dynamic: Energy differennce between successive steps in dynamic is greater than the user defined variable DEVIATION   .....
可是我把 Energy的值增大了很多，还是会出现，想请教一下原因？待您的回复
赞一下 回复此楼
6楼2014-11-10 16:52:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 夏陌86℃ at 2014-11-10 16:52:58
请教您一个问题：
我做的是有机分子在金属表面的吸附，用discover--minimize后进行dynamic总是会失败，结果中会出现：
Error: Dynamic: Energy differennce between successive steps in dynamic is greater tha ...

这个错误没出现过哦，会不会是设置操作的问题呢
赞一下 回复此楼
逆风奔跑。
7楼2014-11-10 18:38:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangfei天空

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 夏陌86℃ at 2014-11-10 16:52:58
请教您一个问题：
我做的是有机分子在金属表面的吸附，用discover--minimize后进行dynamic总是会失败，结果中会出现：
Error: Dynamic: Energy differennce between successive steps in dynamic is greater tha ...

我也是这个问题 ，把偏移量改得很大，正在计算中，不知道最后还会不会出错。请问您现在发现了解决办法没，可否指点指点，谢谢啦
赞一下 回复此楼
8楼2014-12-11 16:47:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mxbn55 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +21 不知道叫什么！ 2026-03-15 23/1150 2026-03-22 00:12 by BruceLiu320
[考研] 求调剂院校信息 +4 CX 330 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:48 by ms629
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +3 vv迷 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:05 by f19980501
[考研] 286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！ +4 lemonzzn 2026-03-17 8/400 2026-03-21 22:49 by lemonzzn
[考研] 考研调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-21 3/150 2026-03-21 20:04 by 无际的草原
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-20 7/350 2026-03-21 19:05 by 15709483992
[考研] 一志愿深大，0703化学，总分302，求调剂 +4 七月-七七 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:20 by 学员8dgXkO
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 22 350 本科985求调剂，求老登收留 +3 李轶男003 2026-03-20 3/150 2026-03-21 13:28 by 搏击518
[考研] 一志愿华南师大 070300（化学）304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +10 S.H1 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:51 by JourneyLucky
[考研] 求调剂，一志愿:南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西安交通大学 学硕 354求调剂211或者双一流 +3 我想要读研究生 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:13 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工专硕调剂 +7 heming3743 2026-03-16 7/350 2026-03-20 19:31 by zhukairuo
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭