24小时热门版块排行榜    

查看: 1143  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

mxbn55

金虫 (小有名气)

[求助] discover之后如何提取轨迹坐标? 已有1人参与

水分子discover运行之后,如何提取每个原子在每一帧的坐标?急急急,求解答
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

夏陌86℃

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-10 09:11:37
原子坐标和分子电荷中心、几何中心在Properties里面就有显示,不过所有的坐标统计就不晓得在哪弄了,用这些坐标干什么是最关键的,几个还可以一个个统计,如果很多的话就用分布统计就行了,应该没必要统计每个原子 ...

请教您一个问题:
我做的是有机分子在金属表面的吸附,用discover--minimize后进行dynamic总是会失败,结果中会出现:
Error: Dynamic: Energy differennce between successive steps in dynamic is greater than the user defined variable DEVIATION   .....
可是我把 Energy的值增大了很多,还是会出现,想请教一下原因?待您的回复
6楼2014-11-10 16:52:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mxbn55: 金币+20 2014-11-21 14:18:03
轨迹坐标还是原子的坐标,不知道提取原子的坐标是做什么用的,是否可以用分子的坐标来间接表示。
逆风奔跑。
2楼2014-10-09 11:31:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mxbn55

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-09 11:31:07
轨迹坐标还是原子的坐标,不知道提取原子的坐标是做什么用的,是否可以用分子的坐标来间接表示。

原子坐标,不过分子坐标又该怎么表示?谢谢
3楼2014-10-10 08:17:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by mxbn55 at 2014-10-10 08:17:29
原子坐标,不过分子坐标又该怎么表示?谢谢...

原子坐标和分子电荷中心、几何中心在Properties里面就有显示,不过所有的坐标统计就不晓得在哪弄了,用这些坐标干什么是最关键的,几个还可以一个个统计,如果很多的话就用分布统计就行了,应该没必要统计每个原子的坐标。
逆风奔跑。
4楼2014-10-10 09:11:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +5 生物工程调剂 2026-03-17 9/450 2026-03-21 23:32 by zhujy1982
[考研] 一志愿211,0703化学310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-21 22:21 by peike
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +10 枫桥ZL 2026-03-18 12/600 2026-03-21 22:02 by peike
[考研] 0703化学调剂 +11 妮妮ninicgb 2026-03-15 15/750 2026-03-21 19:15 by ColorlessPI
[考研] 298求调剂 +4 上岸6666@ 2026-03-20 4/200 2026-03-21 17:14 by 学员8dgXkO
[考研] 306求0703调剂一志愿华中师范 +5 纸鱼ly 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:11 by 学员8dgXkO
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
[考研] 一志愿华中科技大学071000,求调剂 +3 沿岸有贝壳6 2026-03-21 3/150 2026-03-21 10:35 by 暮云清寒
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +6 梨花珞晚风 2026-03-17 6/300 2026-03-21 03:40 by JourneyLucky
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华南师大 070300(化学)304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 323求调剂 +3 洼小桶 2026-03-18 3/150 2026-03-20 22:54 by JourneyLucky
[考研] 288求调剂 +16 于海海海海 2026-03-19 16/800 2026-03-20 22:28 by JourneyLucky
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] 环境工程调剂 +9 大可digkids 2026-03-16 9/450 2026-03-20 17:38 by 醉在风里
[考研] 一志愿福大288有机化学,求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
信息提示
请填处理意见