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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » discover之后如何提取轨迹坐标？
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mxbn55

金虫 (小有名气)

[求助] discover之后如何提取轨迹坐标？ 已有1人参与

水分子discover运行之后，如何提取每个原子在每一帧的坐标？急急急，求解答
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1楼 2014-10-09 09:01:06
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mxbn55: 金币+20 2014-11-21 14:18:03
轨迹坐标还是原子的坐标，不知道提取原子的坐标是做什么用的，是否可以用分子的坐标来间接表示。
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逆风奔跑。
2楼2014-10-09 11:31:07
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mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-09 11:31:07
轨迹坐标还是原子的坐标，不知道提取原子的坐标是做什么用的，是否可以用分子的坐标来间接表示。

原子坐标，不过分子坐标又该怎么表示？谢谢
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3楼2014-10-10 08:17:29
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by mxbn55 at 2014-10-10 08:17:29
原子坐标，不过分子坐标又该怎么表示？谢谢...

原子坐标和分子电荷中心、几何中心在Properties里面就有显示，不过所有的坐标统计就不晓得在哪弄了，用这些坐标干什么是最关键的，几个还可以一个个统计，如果很多的话就用分布统计就行了，应该没必要统计每个原子的坐标。
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逆风奔跑。
4楼2014-10-10 09:11:37
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mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-10 09:11:37
原子坐标和分子电荷中心、几何中心在Properties里面就有显示，不过所有的坐标统计就不晓得在哪弄了，用这些坐标干什么是最关键的，几个还可以一个个统计，如果很多的话就用分布统计就行了，应该没必要统计每个原子 ...

我要这些坐标主要是为了检测周期性边界的真正含义。将这些分子的坐标找到，利用matlab计算轨迹，运用扩散系数的公式验证和MS软件算出来的扩散系数对比，来检测分子跑出盒子与周期性边界的关系。
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5楼2014-10-20 13:11:37
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夏陌86℃

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-10 09:11:37
原子坐标和分子电荷中心、几何中心在Properties里面就有显示，不过所有的坐标统计就不晓得在哪弄了，用这些坐标干什么是最关键的，几个还可以一个个统计，如果很多的话就用分布统计就行了，应该没必要统计每个原子 ...

请教您一个问题：
我做的是有机分子在金属表面的吸附，用discover--minimize后进行dynamic总是会失败，结果中会出现：
Error: Dynamic: Energy differennce between successive steps in dynamic is greater than the user defined variable DEVIATION   .....
可是我把 Energy的值增大了很多，还是会出现，想请教一下原因？待您的回复
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6楼2014-11-10 16:52:58
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 夏陌86℃ at 2014-11-10 16:52:58
请教您一个问题：
我做的是有机分子在金属表面的吸附，用discover--minimize后进行dynamic总是会失败，结果中会出现：
Error: Dynamic: Energy differennce between successive steps in dynamic is greater tha ...

这个错误没出现过哦，会不会是设置操作的问题呢
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逆风奔跑。
7楼2014-11-10 18:38:37
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wangfei天空

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 夏陌86℃ at 2014-11-10 16:52:58
请教您一个问题：
我做的是有机分子在金属表面的吸附，用discover--minimize后进行dynamic总是会失败，结果中会出现：
Error: Dynamic: Energy differennce between successive steps in dynamic is greater tha ...

我也是这个问题 ，把偏移量改得很大，正在计算中，不知道最后还会不会出错。请问您现在发现了解决办法没，可否指点指点，谢谢啦
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8楼2014-12-11 16:47:44
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