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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 扩增的目的基因与预期的片段大小不一样
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lu12306

新虫 (初入文坛)

[求助] 扩增的目的基因与预期的片段大小不一样 已有3人参与

已知基因序列，以该基因的两端作为引物序列进行扩增，预计扩增出来的目的基因大小为2600bp。结果扩增片段大小为约为1200bp。
这是非特异扩增吗？是与变性和退货时间太短有关吗？
变性94度，5min。
变性94度45s，退火温度梯度：56、57、58、59度45s；延伸2min40s；35cycles。
延伸10min。

扩增的目的基因与预期的片段大小不一样
2014。10。1.jpg
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1楼 2014-10-01 20:34:14
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wopopwz123

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-10-02 21:06:51
请问楼主你的GC含量是多少？因为GC含量可能受到影响。最好能传上序列，我可以帮你分析一下。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lu12306
4楼2014-10-02 00:07:21
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焃__麟

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-10-02 21:06:33
序列已知的话回收测序看看不就行了,如果不是的话可能是引物的特异性不好，重新设计就可以了
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行到水穷处，坐看云起时
2楼2014-10-01 22:29:16
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意萧02

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-10-02 21:06:43
同意一楼的看法，直接测序就最能说明问题了

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3楼2014-10-01 23:28:32
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lu12306

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by wopopwz123 at 2014-10-02 00:07:21
请问楼主你的GC含量是多少？因为GC含量可能受到影响。最好能传上序列，我可以帮你分析一下。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB364288.1
这是genebank中的基因序列。麻烦你了！
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5楼2014-10-03 21:08:50
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