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枫叶留殇

新虫 (正式写手)

[求助] 基因序列的敲除 已有1人参与

大家好,请教各位大神一个问题:
本人想纯化蛋白长晶体,但是表达出来的蛋白一直降解,发现里面有一段很长的无规卷曲区域,现在想通过基因敲除敲掉表达无规卷曲那一段的序列,不知道搞怎么操作,就大神指导,并给出具体的protocol。
谢谢!
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在冲往未来的道路上,我会全力以赴~~~
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, MolEPI+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-09-11 15:26:08
枫叶留殇: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-09-12 08:54:55
对于你想敲出基因中间一段,其他部位又需要表达,比较困难,因为常规基因敲除技术是将整个基因沉默的,这里我倒是有一个办法,理论上可行,实际没操作过,你如果觉得可行就做,纯粹本人想象出来的。

实验步骤:
1、将基因完整ORF拉出来(在起始密码子上游及终止密码子下游设计引物,在上下游引物两端添加相同的酶切位点,此酶切位点在整个PCR产物中必须要是唯一的,以cDNA为模板);
2、回收PCR产物,用连接酶进行连接(不需要添加任何载体),再在无规卷曲两端设计反向引物,同样在引物两端同时添加另一种酶切位点,以连接产物为模板进行PCR,产物回收,用连接酶进行连接(不需要添加任何载体);
3、再以第二次连接产物为模板,基因全长引物为模板PCR,产物克隆到T载体或者其他克隆载体,以该改造过的ORF构建表达载体,所表达蛋白即可去掉无规卷曲部分。

注意:
1、为了增加连接底物量,PCR产物可以直接沉淀,杂带不会影响结果;
2、已连接产物为模板进行的PCR,产物可能会有几个带,选取除引物二聚体外最小的带;
3、设计反向引物时,一定要保证不能让基因发生移码突变,这一步是最关键的,保证无规卷曲两端的氨基酸序列无误;
4、所有PCR过程必须使用高保真DNA聚合酶。

以上纯属个人意见,一个字一个字码出来的,仅供参考!
没有做不到,只有想不到!
2楼2014-09-11 15:22:52
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Huobol

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 王平阳 at 2014-09-11 15:22:52
对于你想敲出基因中间一段,其他部位又需要表达,比较困难,因为常规基因敲除技术是将整个基因沉默的,这里我倒是有一个办法,理论上可行,实际没操作过,你如果觉得可行就做,纯粹本人想象出来的。

实验步骤:
...

推荐几个你们用的高保真聚合酶,哪个公司的什么牌子,好用吗?谢谢!!
让羽毛再飞一会儿
3楼2015-09-10 17:23:15
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枫叶留殇

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 王平阳 at 2014-09-11 15:22:52
对于你想敲出基因中间一段,其他部位又需要表达,比较困难,因为常规基因敲除技术是将整个基因沉默的,这里我倒是有一个办法,理论上可行,实际没操作过,你如果觉得可行就做,纯粹本人想象出来的。

实验步骤:
...

我后来就是用这种方法做的,敲除是成功了,但是蛋白质还是没做出来
在冲往未来的道路上,我会全力以赴~~~
4楼2015-09-13 20:04:55
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renzhiq

木虫 (小有名气)

首先,你得告诉我你纯化蛋白是从野生菌中,还是重组菌。重组菌的话就太简单了,野生菌就要费事了……

发自小木虫Android客户端
5楼2015-09-13 21:53:44
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