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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 用VMD生成的lammps data文件不对 是什么原因
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小讨厌123

新虫 (小有名气)

[求助] 用VMD生成的lammps data文件不对 是什么原因 已有1人参与

先用MS建立水的模型   导出.pdf文件  然后用topo writelammpsdata  生成data文件   发现没有angle     
用msi2lmp也生成了data文件   两个文件有很大差别    求大神指导是什么原因

用VMD生成的lammps data文件不对  是什么原因
用msi2lmp生成的data文件


用VMD生成的lammps data文件不对  是什么原因-1
用topo生成的data文件
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相变lammps模拟 QQ475177935 欢迎交流讨论
1楼 2014-09-05 10:47:25
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
请问您的问题解决了吗，我用VMD生成data文件，同样没有angle、dihedral等信息。
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4楼2019-07-26 21:36:37
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查看全部 4 个回答

qphll

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
注意两点:
1. LAMMPS的命令参数和文件格式变化比较频繁，每次编译新版本以后记得查看各个命令的格式
2. VMD的tcl格式的脚本比较灵活。打开VMD以后，从Extensions选择 “Tk Console”来运行脚本。

假设你的结构文件是H2O.xyz, 尝试搜索一些VMD的运行例子和使用说明，熟悉以下的几个命令，

mol new H2O.xyz autobonds no waitfor all
mol bondsrecalc top
topo retypebonds
topo guessangles
topo guessdihedrals
topo guessimpropers
pbc set { 40.0 40.0 40.0 90.0 90.0 90.0 }
topo writelammpsdata data.H2O

注意仔细观察data.H2O的格式。VMD的更新没有LAMMPS那么快，所以有时候Topo Tool plugin不一定对最新版的LAMMPS的data格式有效。你可能还需要一个小脚本来修改一下这个data.H2O文件。

LAMMPS准备带有键，角和二面角的输入文件确实需要耐心和细心的。

祝好运。
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小讨厌123
Life, Love, Laugh.
2楼2014-09-05 11:30:58
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小讨厌123

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by qphll at 2014-09-05 11:30:58
注意两点:
1. LAMMPS的命令参数和文件格式变化比较频繁，每次编译新版本以后记得查看各个命令的格式
2. VMD的tcl格式的脚本比较灵活。打开VMD以后，从Extensions选择 “Tk Console”来运行脚本。

假设你的结构 ...

感谢您的回答
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相变lammps模拟 QQ475177935 欢迎交流讨论
3楼2014-09-09 14:29:34
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