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小讨厌123

新虫 (小有名气)

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[求助] 用VMD生成的lammps data文件不对是什么原因已有1人参与

先用MS建立水的模型导出.pdf文件然后用topo writelammpsdata 生成data文件发现没有angle
用msi2lmp也生成了data文件两个文件有很大差别求大神指导是什么原因

用msi2lmp生成的data文件

用topo生成的data文件

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相变lammps模拟 QQ475177935 欢迎交流讨论

1楼 2014-09-05 10:47:25

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qphll

金虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

注意两点:
1. LAMMPS的命令参数和文件格式变化比较频繁，每次编译新版本以后记得查看各个命令的格式
2. VMD的tcl格式的脚本比较灵活。打开VMD以后，从Extensions选择 “Tk Console”来运行脚本。

假设你的结构文件是H2O.xyz, 尝试搜索一些VMD的运行例子和使用说明，熟悉以下的几个命令，

mol new H2O.xyz autobonds no waitfor all
mol bondsrecalc top
topo retypebonds
topo guessangles
topo guessdihedrals
topo guessimpropers
pbc set { 40.0 40.0 40.0 90.0 90.0 90.0 }
topo writelammpsdata data.H2O

注意仔细观察data.H2O的格式。VMD的更新没有LAMMPS那么快，所以有时候Topo Tool plugin不一定对最新版的LAMMPS的data格式有效。你可能还需要一个小脚本来修改一下这个data.H2O文件。

LAMMPS准备带有键，角和二面角的输入文件确实需要耐心和细心的。

祝好运。

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小讨厌123

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2楼2014-09-05 11:30:58

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小讨厌123

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引用回帖:

2楼: Originally posted by qphll at 2014-09-05 11:30:58
注意两点:
1. LAMMPS的命令参数和文件格式变化比较频繁，每次编译新版本以后记得查看各个命令的格式
2. VMD的tcl格式的脚本比较灵活。打开VMD以后，从Extensions选择 “Tk Console”来运行脚本。

假设你的结构 ...

感谢您的回答

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相变lammps模拟 QQ475177935 欢迎交流讨论

3楼2014-09-09 14:29:34

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